Avaliação de protocolos moleculares para o diagnóstico laboratorial de infecções por Salmonella em animais: abordagem in silico e validação analítica

• Processo: 24/17611-7
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2025
• Data de Término da vigência: 31 de março de 2026
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Medicina Veterinária - Medicina Veterinária Preventiva
• Pesquisador responsável: Lara Borges Keid
• Beneficiário: Ariel Lima Dias
• Instituição Sede: Faculdade de Zootecnia e Engenharia de Alimentos (FZEA). Universidade de São Paulo (USP). Pirassununga , SP, Brasil
• Assunto(s): Diagnóstico Salmonella Salmonelose
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: diagnóstico | reação em cadeia pela polimerase | Salmonella | salmonelose | Doenças infecciosas dos animais

Resumo

A salmonelose é uma doença causada pelas bactérias do gênero Salmonella, uma das mais importantes enfermidades transmissíveis no homem, em animais domésticos e silvestres. É associada a quadros diarreicos no homem e animais e a problemas reprodutivos em ruminantes e equinos. O diagnóstico da infecção é baseado principalmente no cultivo microbiológico para isolamento da bactéria e a reação em cadeia pela polimerase (PCR) é uma alternativa em situações em que não é possível a apropriada colheita e conservação das amostras com vistas a manter a viabilidade bacteriana, para que o isolamento em cultivo seja bem sucedido. Esta proposta tem o objetivo de realizar uma revisão dos protocolos de diagnóstico molecular baseados na PCR para detecção de Salmonella spp. e dos sorotipos Salmonella Typhimurium e Dublin e avaliar os primers utilizados por abordagem in silico e validação analítica. Após o levantamento sobre os principais genes e respectivos primers descritos para diagnóstico, será feita a busca por sequências de DNA de cada gene e o alinhamento múltiplo das mesmas. A localização de cada par de primers no alinhamento, será feita para determinar a capacidade dos primers de amplificar a maior diversidade de salmonelas. Os primers serão então avaliados quanto à especificidade analítica utilizando o programa Primer-Blast e quanto a características termodinâmicas que favoreçam a amplificação com os programas Primer3 e NetPrimer. Os que apresentarem melhor desempenho nestas análises serão avaliados quanto à sensibilidade analítica utilizando-se quantidades decrescentes de unidades formadoras de colônias (UFC) de Salmonella submetidas aos procedimentos de pré-enriquecimento, pré-enriquecimento e enriquecimento para isolamento bacteriano e sem a realização destes procedimentos. Os primers que apresentarem melhores desempenhos serão selecionados e utilizados em futuras propostas direcionadas ao diagnóstico de Salmonella em ruminantes e na fauna silvestre que serão desenvolvidos por nosso grupo de pesquisa.