Diversidade genética do cluster nkg2/cd94 em populações mundiais

• Processo: 24/22217-6
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 2025
• Data de Término da vigência: 28 de fevereiro de 2027
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
• Pesquisador responsável: Erick da Cruz Castelli
• Beneficiário: Viviane Aparecida de Oliveira Ciriaco
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina (FMB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
• Assunto(s): Biologia computacional Haplotipos Polimorfismo genético Imunogenética
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | Cd94 | célula natural killer | Haplótipos | Nkg2 | Polimorfismos | Imunogenética

Resumo

A função citotóxica das células NK é influenciada por um balanço de sinais de receptores de ativação e inibição que são expressos na superfície da NK e interagem com diversos ligantes das células-alvo. Entre esses receptores estão os genes do cluster NKG2/CD94, codificados no cromossomo 12, com 6 membros conhecidos: KLRK1, KLRC1, KLRC2, KLRC3, KLRC4 e KLRD1. Esses genes surgiram por duplicação de um ancestral comum e, portanto, apresentam sequências muito semelhantes entre si. Embora sejam considerados pouco polimorficos, a similaridade de sequência combinada com variantes estruturais como polimorfismos de número de cópias, dificulta a análise desses genes por meio de técnicas de sequenciamento com fragmentos pequenos (short read). Dessa forma, a diversidade desses genes pode estar bastante subestimada em algumas regiões e superestimada em outras. Resultados preliminares mostram alinhamentos cruzados entre os genes KLRC2, KLRC1 e KLRC3, além da falha de alinhamento de sequências do gene KLRC1 e KLRC4, indicando a necessidade de estratégias computacionais direcionadas para estes genes para se obter genótipos e haplótipos confiáveis. O objetivo deste projeto será desenvolver um pipeline de bionformártica específico para corrigir os erros de alinhamento observados nos genes do cluster NKG2/CD94, seguindo um modelo como o desenvolvido pelo grupo para genes HLA e KIR. Em seguida, será avaliada a diversidade desses genes em 5.347 amostras de diversas populações mundiais, incluindo amostras brasileiras, buscando a presença de polimorfismos funcionais e a distribuição geográfica dos alelos e haplótipos.