Cromatografia líquida acoplada à espectrometria de massas para proteômica e metabolômica

• Processo: 25/08411-7
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 2025
• Data de Término da vigência: 31 de janeiro de 2026
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Química de Macromoléculas
• Pesquisador responsável: Daniel Martins-de-Souza
• Beneficiário: Licia Carla da Silva Costa
• Instituição Sede: Instituto de Biologia (IB). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 17/25588-1 - Da compreensão básica a biomarcadores clínicos para a esquizofrenia: um estudo multidisciplinar centrado na neuroproteômica, AP.TEM
• Assunto(s): Cromatografia líquida acoplada à espectrometria de massas Metabolômica Proteômica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Lc-Ms | Metabolomica | proteômica | Proteomics e Metabolomics

Resumo

O laboratório conta com a disponibilidade de 4 sistemas de cromatografia líquida, 3 dos quais estão acoplados a espectrômetros de massas. Esta infraestrutura é responsável por análises e validações de proteômica targeted e untargeted, metabolômica, lipidômica e tipos de preparo de amostra como depleção de proteínas abundantes e fracionamento de amostras que são realizadas no laboratório, em estudos do próprio laboratório e de vários outros colaboradores devido ao status de equipamento multiusuário.Estes equipamentos necessitam de manutenção preventiva constantemente para assegurar a qualidade dos dados adquiridos neles, além de calibrações e ajustes ao longo do seu uso. Isso inclui o preparo correto dos solventes de gradiente, limpeza, calibração e controle de qualidade; a troca de selos de alta pressão, pistões, válvulas e capilares das bombas; a manutenção e troca, quando necessária, das colunas trapping e analítica; a limpeza da fonte de ionização e do cone de entrada do espectrômetro; a limpeza e troca das ponteiras pico de ionização por eletropulverização (ESI picotips); e a calibração e tuning dos parâmetros dos analisadores tempo-de-vôo.Especialmente no caso de análises targeted, também é necessário a geração e a validação de métodos LC e MS específicos àquela análise, embora métodos customizados também sejam necessários em alguns estudos untargeted.Após adquirir um conjunto de amostras, é necessário armazenar os dados corretamente e analisá-los para extrair informações biológicas deles. Cada tipo de análise pode requerer um fluxograma diferente de análise, variando, inclusive, até o software necessário. Em qualquer situação, a qualidade dos dados deve ser confirmada por espectro e outros dados como clivagens perdidas e modificações pós-traducionais como oxidação.Uma análise de proteômica pode contar com features moleculares que podem ser identificados para revelar mais de mil proteínas diferentes e mais de dez mil peptídeos. Destes dados, testes estatísticos devem ser realizados para determinar quais moléculas são relevantes ao estudo. Uma vez gerada, esta lista deve ser corrigida por múltiplos testes para gerar p-valores ajustados e a relevância biológica deve ser extraída com análises ontológicas. Além de softwares comerciais, ferramentas de bioinformática online e por programação em R e Python são usadas para analisar os dados e gerar figuras.