Estabelecimento de plataforma de Bioinformática para a análise de genomas e transcriptomas de plantas e microbiomas: Montagem, Anotação, Bancos de Dados e Navegador de Genoma (Genome Browser).

• Processo: 25/11418-3
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de agosto de 2025
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2025
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
• Pesquisador responsável: Vitor Fernandes Oliveira de Miranda
• Beneficiário: Samanta Gabriela Medeiros Carvalho
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 21/10639-5 - Centro de Pesquisa em Biodiversidade e Mudanças do Clima, AP.CEPID
• Assunto(s): Genômica Metagenômica Sequenciamento Transcriptômica Biologia computacional
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Genome Browser | Genômica | metagenômica | Montagem de Genomas | sequenciamento | Transcriptômica | Bioinformática

Resumo

A infraestrutura de bioinformática é essencial para a integração e interpretação de dados, sendo indispensável para o sucesso de projetos no âmbito da genômica, transcriptômica e metagenômica. Uma plataforma de gerenciamento de dados que incorpore pipelines sem problemas para análises genômicas e facilite a interação com o usuário também se torna fundamental para o suporte de trabalhos na área. O principal objetivo deste projeto é estabelecer uma estrutura robusta de bioinformática que abranja a montagem de genomas, a anotação genômica e uma interface de usuário amigável. Serão estabelecidos protocolos e pipelines de bioinformática para a montagem, anotação e realização de análises comparativas dos genomas, transcriptomas e microbiomas gerados no âmbito do projeto. Estes protocolos incluirão, tanto ferramentas de pré-processamento dos dados brutos - como controle de qualidade e filtragem de sequências - quanto de polimento e processamento dos dados, para as finalidades do projeto. A montagem de genomas incluirá estratégias com ferramentas de software de referência, como Ragout2, e também com ferramentas para montagem de novo, como NOVOplasty. Também serão adotadas duas etapas para a anotação genômica, incluindo a identificação e classificação de elementos transponíveis, e as anotações estrutural e funcional utilizando ferramentas como bancos de dados Uniprot, InterProScan e EggNOG, e ferramentas como tRNAscan-SE, RNAmmer, Infernal e GeSeq. Para dados transcriptômicos a ferramenta Trinity será empregada no processamento, e para metagenômica o processamento será realizado com a ferramenta metaWRAP. Além disso, será desenvolvida uma página da web de fácil uso, concebida como um banco de dados biológicos, para o compartilhamento e a disseminação dos resultados, incluindo arquivos genômicos em diferentes formatos (FASTA, GFF3, dentre outros), e também modelos de genes, elementos transponíveis e mapeamento de RNAseq, desenvolvidos com a ferramenta JBrowse. A infraestrutura de bioinformática proposta neste projeto irá desempenhar papel fundamental de suporte ao grupo de pesquisa e trabalhos direcionados à comunidade científica. (AU)