Seleção natural na região do MHC em populações humanas

• Processo: 25/15750-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2025
• Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2026
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
• Pesquisador responsável: Diogo Meyer
• Beneficiário: Jennifer Eliana Montoya Neyra
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 21/14851-9 - Genômica Populacional Humana: uma perspectiva a partir de populações miscigenadas, AP.TEM
• Assunto(s): Genética populacional
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: admixture | African ancestry | HLA alleles | MHC (Complexo Principal de Histocompatibilidade) | natural selection | population genetics | Genética de populações

Resumo

Implementaremos testes estatísticos projetados para identificar desvios da ancestralidade de fundo dentro da região do MHC (Grinde et al. 2019). A ancestralidade local será estimada utilizando o RFMIX (Maples et al. 2013) ou outros métodos que possam ser desenvolvidos durante o período de financiamento. Usaremos simulações para avaliar a robustez da estimativa de ancestralidade local no MHC. Para isso, utilizaremos simulações forward para modelar populações evoluindo sob condições neutras, mas com populações-fonte com alta heterozigosidade (assim mimetizando possíveis vieses associados à região do MHC). Nossa estratégia baseia-se na identificação de alelos HLA nas populações admistadas e na realização de testes para seleção recente, a fim de identificar variantes potencialmente selecionadas. Para identificar alelos recentemente selecionados, usaremos testes baseados em desequilíbrio de ligação nas regiões flanqueadoras dos loci HLA (por exemplo, homozigosidade integrada de haplótipos, iHS) (Szpiech e Hernandez 2014), que também fornecerão uma estimativa da escala temporal da seleção nos loci HLA, permitindo-nos distinguir entre o papel da seleção recente (pós-admixura) e aquela que ocorreu na África. Finalmente, utilizando um modelo baseado em simulações (Haller e Messer 2019), exploraremos um modelo teórico de seleção, segundo o qual o alto polimorfismo das populações africanas explica a vantagem seletiva dos alelos africanos.