Modelagem da Ohr de Xylella fastidiosa em sua conformação "aberta" e seleção de inibidores por virtual screening

• Processo: 10/07660-8
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 2010
• Data de Término da vigência: 31 de maio de 2011
• Área de conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Química - Química Orgânica
• Pesquisador responsável: Antonia Tavares Do Amaral
• Beneficiário: Maria Christina Camasmie Peters
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Simulação de dinâmica molecular Simulação de acoplamento molecular Modelagem molecular
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Dinâmica Molecular | Docking | Modelagem molecular | Modelo por homologia | Ohr de Xylella fastidiosa | virtual screening | QSAR e Modelagem Molecular

Resumo

Resumo:A Xylella fastidiosa é um fitopatógeno bacteriano causador de diversas doenças em plantas, como por exemplo a clorose variegada dos citros (CVC). Essa bactéria se aloja no xilema da planta fazendo com que a passagem da seiva bruta fique prejudicada, deixando os frutos endurecidos e pequenos, afetando sua comercialização. A Ohr (Organic Hydroperoxide Resistance) é uma proteína exclusiva de bactérias, que promove a resistência contra o stress oxidativo promovido pela planta em resposta ao fitopatógeno. A estrutura da Ohr da X. fastidiosa foi resolvida por cristalografia de raios-X e pode ser um alvo válido para a procura de novos defensivos agrícolas contra a CVC. O planejamento racional de compostos com base na estrutura do alvo biológico é uma estratégia moderna de desenvolvimento de compostos bioativos. Ela se baseia em informações extraídas da estrutura da macromolécula alvo para a seleção de ligantes potentes e contra alvos específicos. Dando prosseguimento a estudos preliminares realizados no grupo [Seixas et al., 2008] pretende-se nesse projeto aplicar estratégias modernas de SBDD para a seleção de inibidores específicos para Ohr de X. fastidiosa. Pretende-se propor um modelo por homologia da Ohr de X. fastidiosa em sua conformação "aberta". Este modelo será validado por dinâmica molecular e será usado para a construção de um modelo virtual screening (VS) baseado na estrutura desta proteína. O modelo de VS constituído, inicialmente, por filtros farmacofóricos e de docking [Malvezzi et al, 2008, Malvezzi et al, 2009] será usado para a seleção de ligantes da Ohr de X. fastidiosa no biblioteca de compostos ZINC. Os compostos selecionados serão testados em ensaios enzimáticos para validação experimental do modelo.