Uso do metodo bootstrap para construcao de intervalos de confianca para distancia entre locos em mapas geneticos de especies alogamas.

• Processo: 05/59268-6
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Data de Início da vigência: 01 de março de 2006
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2006
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Quantitativa
• Pesquisador responsável: Roland Vencovsky
• Beneficiário: Gabriel Rodrigues Alves Margarido
• Instituição Sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Assunto(s): Estatística computacional Mapeamento genético Acurácia Reamostragem bootstrap Marcador molecular
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Acuracia | Bootstrap | Especies Alogamas | Estatistica Computacional | Mapa Genetico | Marcadores Moleculares

Resumo

Os mapas genéticos são de grande utilidade para o melhoramento genético, por permitirem, por exemplo, a localização de locos que controlam características quantitativas (QTL's). Em muitas espécies de natureza alógama, há dificuldades para a obtenção de linhagens homozigóticas, dificultando a construção de mapas usando as abordagens comumente empregadas. Os marcadores moleculares multialélicos e codominantes permitem a análise da segregação de cruzamentos entre indivíduos altamente heterozigóticos, pois é possível identificar alelos segregando em ambos os genitores. Wu et al. (2002) propuseram um algoritmo baseado na máxima verossimilhança para estimação simultânea da ligação e da fase de ligação para um conjunto de marcadores moleculares de diferentes tipos. Apesar do avanço nas metodologias estatísticas para construção de mapas, estes normalmente não incluem medidas de acurácia para as distâncias calculadas entre os locos. O presente trabalho tem por objetivo adaptar o software que permite a realização das análises propostas por Wu et al., incluindo etapas para a construção de Intervalos de confiança para a fração de recombinação entre dois locos, através do método de amostragem bootstrap. Posteriormente, o software será aplicado sobre um conjunto de dados simulado, para se avaliar o comportamento do método bootstrap e comparar os intervalos obtidos para diferentes combinações de marcadores. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

OLIVEIRA‚ K.M.; PINTO‚ L.R.; MARCONI‚ T.G.; MARGARIDO‚ G.R.A.; PASTINA‚ M.M.; TEIXEIRA‚ L.H.M.; FIGUEIRA‚ A.V.; ULIAN‚ E.C.; GARCIA‚ A.A.F.; SOUZA‚ A.P.. Functional integrated genetic linkage map based on EST-markers for a sugarcane (Saccharum spp.) commercial cross. MOLECULAR BREEDING, v. 20, n. 3, p. 189-208, 2007. (04/10596-9, 02/01167-1, 05/59268-6, 02/00197-4)