Estudo de estruturas, interações e reconhecimento molecular em carboidratos utilizando simulação computacional

• Processo: 01/08360-9
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2001
• Data de Término da vigência: 30 de abril de 2004
• Área de conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Química - Físico-química
• Pesquisador responsável: Luiz Carlos Gomide Freitas
• Beneficiário: Cristina Saldanha Pereira
• Instituição Sede: Centro de Ciências Exatas e de Tecnologia (CCET). Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR). São Carlos , SP, Brasil
• Assunto(s): Simulação de dinâmica molecular Carboidratos Simulação por computador
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Dinamica

Resumo

Este projeto de pesquisa propõe o estudo de carboidratos derivados da glicose utilizando métodos de química computacional. Dois sistemas principais serão investigados: ciclodextrinas e o dissacarídeo trehalose. Sistemas modelo serão representados com detalhes atômicos utilizando campo de força clássico. Estrutura e dinâmica em solução aquosa e, principalmente, fenômenos existentes em interações destes carboidratos envolvendo reconhecimento molecular serão investigados com o uso do método de Dinâmica Molecular. Sistemas modelo das ciclodextrinas naturais alfa-, beta- e gama-ciclodextrina e do derivado metil-beta-ciclodextrina serão analisados em água, visando o entendimento das marcantes diferenças de solubilidade entre estes oligossacarídeos. Simulações da formação de complexos de inclusão pelo oligossacarídeo beta-ciclodextrina serão conduzidas e os dados obtidos comparados com resultados experimentais. Nos estudos da trehalose, simulações em água e na presença da proteína mioglobina serão realizadas para compreensão do efeito deste dissacarídeo sobre a estrutura, estabilidade e flexibilidade de proteínas. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

CRISTINA S. PEREIRA; ANDRÉ F. DE MOURA; LUIZ CARLOS G. FREITAS; ROBERTO D. LINS. Revisiting the internal conformational dynamics and solvation properties of cyclodextrins. Journal of the Brazilian Chemical Society, v. 18, n. 5, p. 951-961, 2007-00-00. (99/12359-4, 01/08360-9, 01/05891-3)