Utilização de espectrometria de massas, ligação cruzada (cross-linking) e footprinting no estudo de interações proteina-proteina

Autor(es)

Amadeu Hoshi Iglesias

• Tipo de documento: Tese de Doutorado
• Imprenta: Campinas, SP.
• Instituição: Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Química
• Data de defesa: 2009-03-04

Membros da banca

Fábio Cesar Gozzo; Luiz Alberto Beraldo de Moraes; Emer Suavinho Ferro; Carlos Henrique Inacio Ramos; Munir Salomão Skaf

• Orientador: Fábio Cesar Gozzo

Resumo

A Espectrometria de Massas (MS) é hoje a principal técnica de caracterização de estrutura primária de proteínas devido às vantagens intrínsecas da técnica. As técnicas de cross-linking e footprinting visam desfrutar de tais vantagens para obtenção de informações estruturais de complexos protéicos. Nesse projeto foram realizados estudos de fragmentação de peptídeos contendo como cross-linker o DSS, reagente mais utilizado para esse propósito. Os mecanismos de fragmentação foram propostos baseados na dissociação de peptídeos modelos sintetizados para gerar espécies que mimetizassem experimentos com proteínas. Esses estudos permitiram a identificação de íons marcadores, que foram posteriormente utilizados em experimentos de Varredura de Íons Precursores para auxiliar na detecção de peptídeos modificados. Para realização dos experimentos de footprinting, foi desenvolvida uma linha de luz no LNLS. Posteriormente, foi proposto um novo método de quantificação de cinética de oxidação baseado nos dados de LC-MS, levando em consideração todos os produtos de oxidação formados. Esses métodos foram utilizados no estudo de interação das proteínas Tif34 e Tif35 do fator de iniciação de tradução de Saccharomyces cerevisiae. Os resultados obtidos indicam que Tif34 apresenta dois possíveis sítios de interação para a proteína Tif35 (AU)

• Processo FAPESP: 05/02420-0 - Utilização de espectrometria de massas e ligação cruzada no estudo de interações proteína-proteína
• Beneficiário: Amadeu Hoshi Iglesias
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto