Caracterização do transcriptoma do músculo estriado esquelético do pacu (Piaractus mesopotamicus)

Autor(es)

Edson Assunção Mareco

• Tipo de documento: Tese de Doutorado
• Imprenta: Botucatu. 2016-09-27.
• Instituição: Universidade Estadual Paulista (Unesp). Instituto de Biociências. Botucatu
• Data de defesa: 2015-09-14
• Orientador: Maeli Dal Pai

Resumo

O pacu (Piaractus mesopotamicus) apresenta excelentes características zootécnicas como rápido crescimento, parâmetro que está diretamente relacionado com o aumento da musculatura estriada esquelética. Pesquisas envolvendo a caracterização de genes musculares têm sido realizadas utilizando-se tecnologias moleculares, em espécies de peixes modelo como o Zebrafish que possui o genoma sequenciado. No pacu, espécie que não possui o genoma sequenciado, esta falta de informação genética dificulta a realização de pesquisas relacionadas com a identificação das vias de sinalização que regulam o desenvolvimento, o crescimento e a manutenção do fenótipo muscular. Além disso, a falta de informação promove uma limitação para o desenvolvimento de programas de melhoramento para esta espécie. Os principais objetivos do presente estudo foram: 1) aumentar os recursos genéticos disponíveis para a espécie, 2) comparar os transcriptomas dos tipos de músculo, vermelho e branco explorando as vias de sinalização que controlam os tipos de fibras musculares 3) investigar a expressão de deubiquitinas pertencente a família do sistema de Proteases ubiquitinas-específicas (USP) no músculo branco em resposta ao jejum e realimentação. Com o sequenciamento, obteve-se aproximadamente 0.6Tb de leituras a partir de bibliotecas do músculo esquelético vermelho e branco. Aproximadamente, 665 milhões de leituras foram utilizadas para a realização da montagem, resultando em 504.065 contigs com um comprimento médio de 1,334bp e N50 = 2,772bp; 47% do transcriptoma foi anotado com êxito, onde pode-se identificar cerca de 15.000 genes considerados únicos e aproximadamente 8000 sequências com região codificante completas. Dentre os genes identificados destacam-se 319 genes de vias metabólicas e 380 microssatélites. Novecentos e ciquenta e seis e 604 genes foram diferencialmente expressos entre o músculo vermelho e branco, respectivamente. (AU)

• Processo FAPESP: 12/02489-4 - Caracterização do transcriptoma do músculo estriado esquelético do pacu (Piaractus mesopotamicus)
• Beneficiário: Edson Assunção Mareco
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado