Caracterização genética de picobirnavírus detectados em amostras fecais de diferentes hospedeiros

Autor(es)

Maria Clara Duarte Fregolente Alves

• Tipo de documento: Tese de Doutorado
• Imprenta: Campinas, SP.
• Instituição: Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Biologia
• Data de defesa: 2010-07-16

Membros da banca

Maria Silvia Viccari Gatti; Fabiana Fantinatti Garboggini; Rovilson Gilioli; Dolors Ursula Mehnert; Vera de Souza Gouvêa

• Orientador: Maria Silvia Viccari Gatti

Resumo

Picobirnavírus (PBV) pertencem à família Picobirnaviridae, gênero Picobirnavirus e têm como espécie tipo Human picobirnavirus e Rabbit picobirnavirus. Estes pequenos vírus não envelopados, de dois segmentos genômicos de RNA dupla fita, são encontrados em amostras de fezes diarreicas ou não de diferentes hospedeiros mamíferos, incluindo o homem, aves e répteis. Os mecanismos da infecção por PBV e sua associação a gastroenterites ainda não estão esclarecidos, mas são colocados como agentes emergentes e oportunistas e seu potencial zoonótico foi sugerido. As técnicas utilizadas para a identificação desses vírus são: eletroforese em gel de poliacrilamida (EGPA) e RT-PCR. A primeira permite diferenciar os PBV pelas diferenças de migração dos seus segmentos genômicos. Já na RT-PCR são sete os pares de iniciadores descritos, incluindo aqueles que permitem sua diferenciação em genogrupo I ou II. Este projeto objetivou caracterizar genética e filogeneticamente PBV de diferentes hospedeiros naturais e as estratégias utilizadas foram o sequenciamento total e parcial dos segmentos genômicos de PBV e a definição de uma região conservada para o desenho de iniciadores capazes de diagnosticar todos os PBV por RT-PCR. Foram analisadas para a presença de PBV amostras de fezes de suínos, coelhos, ratos, cães, cobras, ratos silvestres, capivaras, cavalos e bovinos. Utilizando a EGPA, PBV foram identificados em todos os hospedeiros estudados e pela RT-PCR identificou-se genogrupo I de PBV em quase todos, com exceção de capivaras e bovinos. O genogrupo II não foi identificado. A circulação do genogrupo I em diferentes hospedeiros sugere que não existe especificidade genogrupo-espécie de hospedeiro. O sequenciamento parcial do segmento menor dos PBV identificados em cães, cobra e ratos mostrou uma relativa homologia principalmente com sequências de PBV identificados em humanos. A coexistência de duas ou mais populações de PBV em um mesmo hospedeiro foi identificada em cavalos, suínos, rato, rato silvestre e coelho a partir do sequenciamento parcial do segmento menor após clonagem, sugerindo um possível mecanismo de reassortment, o que pode levar a salto entre espécies. Esses resultados suportam o potencial emergente e zoonótico dos PBV. A heterogeneidade nas sequências de nucleotídeos verificada por esse sequenciamento sugere a presença de quasiespécies de PBV nesses hospedeiros. A menor variação observada nas sequências de nucleotídeos de PBV identificados em animais não confinados pode ser justificada pela tendência ao menor contato entre esses animais do que entre os de cativeiro, fazendo com que a transmissão viral também seja menor. Foi proposta uma padronização para a nomenclatura dos PBV, baseada em seu hospedeiro, país e ano de identificação. O atual sistema de classificação para os PBV não é apropriado, devido à identificação de PBV não pertencentes a nenhum dos genogrupos já descritos e à presença de heterogeneidade nas sequências de PBV do genogrupo I. Infelizmente, não foi possível sequenciar o genoma completo dos PBV estudados, não sendo identificada nenhuma sequência conservada que permitisse o desenho de iniciadores capazes de unificar o diagnóstico dos PBV. Estudos tentativos estão em andamento para que, a partir do sequenciamento completo e análise do genoma de diferentes PBV, seja possível definir as porcentagens de identidade mínimas para sua classificação em genogrupos e/ou genotipos (AU)

• Processo FAPESP: 05/04417-7 - Caracterização genética de picobirnavírus detectados em amostras fecais de diferentes hospedeiros
• Beneficiário: Maria Clara Duarte Fregolente Alves
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto