SURE e Garapa: caracterização molecular e distribuição de dois retrotransposons com LTR em cana-de-açúcar.

Autor(es)

Douglas Silva Domingues

• Tipo de documento: Tese de Doutorado
• Imprenta: São Paulo.
• Instituição: Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Ciências Biomédicas (ICB/SDI)
• Data de defesa: 2009-04-07

Membros da banca

Marie Anne van Sluys; Marie Angele Grandbastien; Maria Lucia Carneiro Vieira; Michel Georges Albert Vincentz; Claudia Barros Monteiro Vitorello

• Orientador: Marie Anne van Sluys

Resumo

O objetivo deste trabalho foi caracterizar uma nova família de retrotransposons Copia em cana-de-açúcar, e também compreender a diversidade de retrotransposons com LTR transcricionalmente ativos em cana, com base na análise filogenética de cDNAs provenientes do projeto SUCEST. Foi assim isolada uma nova família de retrotransposons de cana, denominada SURE (SUgarcane REtrotransposon). O genoma da cana apresentou grande colinearidade com os genomas de sorgo e arroz em segmentos contendo SURE. Foram também classificados filogeneticamente cDNAs e seqüências completas de retrotransposons com LTR de cana-de-açúcar. A maioria das linhagens evolutivas descritas apresenta ao menos um representante em cana. O grupo de retrotransposons com LTR mais representado no transcriptoma de cana foi reunido como um novo membro da superfamília Copia Garapa. Trata-se de um elemento com mais cópias e maior variabiliadade que SURE. Dessa forma, SURE e Garapa apresentam-se como duas linhagens de retrotransposons que apresentam padrões distintos de amplificação no genoma de cana. (AU)

• Processo FAPESP: 03/13608-5 - Caracterização genômica e funcional de sequências relacionadas ao retrotransposon Tnt1 em cana-de-açúcar
• Beneficiário: Douglas Silva Domingues
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto