Caracterização da DEAD-box RNA helicase cc1478 em Caulobacter crescentus e sua regulação.

Autor(es)

Rodolfo Alvarenga Ribeiro

• Tipo de documento: Dissertação de Mestrado
• Imprenta: São Paulo.
• Instituição: Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Ciências Biomédicas (ICB/SDI)
• Data de defesa: 2018-12-05

Membros da banca

Marilis do Valle Marques; Tie Koide; Julio Cezar Franco de Oliveira; Robson Francisco de Souza

• Orientador: Marilis do Valle Marques

Resumo

As helicases de RNA da família DEAD-box (DEAD-box RNA helicases) são enzimas envolvidas em diversos processos biológicos importantes, como a degradação e estabilização de ácidos nucléicos, montagem de complexos riboprotéicos, e biogênese do ribossomo. Caulobacter crescentus é uma bactéria oligotrófica pertencente ao grupo das &#945-proteobactérias, que possui três genes codificando RNA helicases da família DEAD-box. Resultados anteriores sugerem que uma destas enzimas, DbpA, codificada pelo gene CC1478, é uma RNA helicase funcional, mas possui uma extremidade carboxi-terminal pouco conservada, com possível função de ancoragem ao ribossomo. Este projeto propõe caracterizar a RNA helicase DbpA, definindo sua regulação, avaliar as informações filogenéticas para determinar sua origem evolutiva, e determinar a importância deste domínio C-terminal para a função da enzima. A expressão da proteína na resposta a estresses, e sua interação com complexos proteicos como o ribossomo também foram avaliados. Almejando caracterizar a função e regulação do gene CC1478, foi obtida uma linhagem onde a proteína continha uma etiqueta no amino-terminal. A expressão, a nível transcricional foi medida através da técnica de qRT-PCR, e a nível traducional por Western blotting onde observou-se pouca diferença entre os níveis da proteína nos vários estresses. Resultados obtidos com as construções truncadas no C-terminal indicam que a proteína sem a extensão C-terminal perde parte de sua função em relação à selvagem, e que o domínio DbpA é importante para a sua função. A análise da interação com as subunidades ribossomais mostrou que a proteína estava presente nas frações contendo subunidades do ribossomo tanto quanto ribossomos completos. Filogeneticamente a cauda C-terminal se mostra como uma região hiper-variável, rica em aminoácidos carregados, porém não sempre na mesma quantidade. No aspecto evolutivo esta família de proteínas se mostra rica em parálogos, sendo que muitos deles ainda são complementares na sua função. O clã RRM (RNA-recognitiion-motif), no qual DbpA está incluída, possui uma origem tão basal quanto LUCA, o que sugere que estas proteínas sempre estiveram atuando na montagem no ribossomo, e em redundância, conferindo versatilidade frente aos estresses do meio. (AU)

• Processo FAPESP: 16/06378-3 - Caracterização da DEAD box-RNA helicase CC1478 em Caulobacter crescentus e sua regulação
• Beneficiário: Rodolfo Alvarenga Ribeiro
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado