Texto completo
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| Autor(es): |
Cláudio Benício Cardoso Silva
Número total de Autores: 1
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| Tipo de documento: | Tese de Doutorado |
| Imprenta: | Campinas, SP. |
| Instituição: | Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Biologia |
| Data de defesa: | 2015-02-25 |
| Membros da banca: |
Anete Pereira de Souza;
Maurício Egídio Cantão;
Reginaldo Massanobu Kuroshu;
Gabriel Rodrigues Alves Margarido;
Claudia Barros Monteiro Vitorello
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| Orientador: | Anete Pereira de Souza |
| Resumo | |
A cana-de-açúcar é uma das espécies de maior importância econômica no mundo devido ao seu potencial bioenergético. No entanto, o seu alto nível de complexidade genética é um desafio para a aplicação de ferramentas moleculares no melhoramento. Os recentes avanços das tecnologias de sequenciamento e genotipagem indicam o potencial de aumentar o nosso entendimento sobre a genética e a biologia molecular desta espécie. As sequências genômicas e de transcriptomas são valiosa fonte de informação para o desenvolvimento de ferramentas moleculares que permitam a identificação de regiões no genoma que estejam relacionadas com características de interesse para o melhoramento. O uso das novas tecnologias de sequenciamento de alto desempenho tem grande potencial de impacto nestas pesquisas. A presente tese objetivou analisar o transcriptoma de seis variedades comerciais e dados genômico da variedade R570, com a finalidade de identificar genes potencialmente úteis para o desenvolvimento de marcadores moleculares. A partir do método RNA-Seq, foram geradas mais de 400 milhões de sequências, as quais permitiram obter um total de 72.269 transcritos representados por uma única isoforma montados com auxílio do programa Trinity. Estes transcritos foram alinhados com sequências de Viridiplantae, gramíneas, e exclusivamente contra proteínas de sorgo, arroz, milho e transcriptoma de cana-de-açúcar, depositados em banco de dados público. Esta análise permitiu identificar o conjunto de genes de cana-de-açúcar compartilhados com outras gramíneas, bem como levou à identificação de novos transcritos que não haviam sido catalogados para cana-de-açúcar, além de longos RNAs não codificantes. Os transcritos foram anotados no Cluster of Orthologous Groups (COG) e no Gene Ontology (GO), com posterior análise de enriquecimento dos termos GO, a partir da qual foram anotados os transcritos, possivelmente relacionados a genes que conferem características de importância agronômica. No transcriptoma foram identificados mais de 700 mil SNPs e aproximadamente cinco mil regiões microssatélites. Analisando um total de 32 Mbp de sequências genômicas da variedade R570 foram identificados 4.342 microssatélites, com frequência média de sete SSR/Kb. As sequências geradas e exploradas neste trabalho são valiosa fonte de informações para entender a arquitetura genética da cana-de-açúcar, principalmente para o desenvolvimento de marcadores moleculares, os quais podem ser utilizados no mapeamento genético (AU) | |
| Processo FAPESP: | 12/11109-0 - Análise in silico do transcriptoma e de sequências genômicas de cana-de-açúcar: identificação de SNPs, análise da expressão alelo-específica e desenvolvimento e caracterização de microssatélites |
| Beneficiário: | Cláudio Benício Cardoso da Silva |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Brasil - Doutorado Direto |