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Análise in silico do transcriptoma e de sequências genômicas de cana-de-açúcar: identificação de SNPs, análise da expressão alelo-específica e desenvolvimento e caracterização de microssatélites

Processo: 12/11109-0
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
Vigência (Início): 01 de agosto de 2012
Vigência (Término): 31 de janeiro de 2015
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Agronomia - Fitotecnia
Pesquisador responsável:Anete Pereira de Souza
Beneficiário:Cláudio Benício Cardoso da Silva
Instituição Sede: Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética (CBMEG). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:08/52197-4 - Genomic-assisted breeding of sugarcane: using molecular markers for understanding the genetic architecture of quantitative traits and to implement marker assisted selection, AP.BIOEN.TEM
Assunto(s):Biologia computacional   Cana-de-açúcar   Transcriptoma   Marcador molecular
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:bioinformática | cana-de-açúcar | mapa genético molecular | marcadores moleculares | Transcriptoma | Genética e Melhoramento Vegetal

Resumo

A cana-de-açúcar está entre as espécies de maior importância econômica no mundo, constituindo uma das principais fontes de produção sucroalcooleira. O desenvolvimento de marcadores genéticos, PCR específicos, como os microssatélites (SSR) e SNPs, pode gerar informações que auxiliarão os programas de melhoramento da cana-de-açúcar. O presente projeto propõe a continuidade de um trabalho que se iniciou com o desenvolvimento de marcadores microssatélites a partir de sequências expressas ESTs (EST-SSR) e genômicas associados a genes. Até o momento, foram desenvolvidos e caracterizados 65 marcadores EST-SSR, os quais já foram publicados (Marconi et al., 2011) juntamente com outros marcadores previamente caracterizados. Além desses, foram desenvolvidos mais 326 marcadores SSR genômicos, os quais foram identificados como sendo associados a algum gene de cana-de-açúcar. Para a continuidade deste projeto, propõe-se a análise do transcriptoma, empregando a técnica de RNA-Seq para seis genitores de três populações de mapeamento do nosso laboratório. Com vistas a identificar transcritos diferencialmente expressos, e posterior identificação de SNPs para estas sequências. Além disso, é proposto um estudo que tem por finalidade a detecção de expressão alelo-específica. Para a execução deste projeto, além de todo suporte oferecido pelo laboratório onde será realizado a pesquisa, o mesmo ainda conta com a coorientação do Dr. Renato Vicentini, que auxilia nas análises de bioinformática. (AU)

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Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
ALMEIDA BALSALOBRE, THIAGO WILLIAN; PEREIRA, GUILHERME DA SILVA; ALVES MARGARIDO, GABRIEL RODRIGUES; GAZAFFI, RODRIGO; BARRETO, FERNANDA ZATTI; ANONI, CARINA OLIVEIRA; CARDOSO-SILVA, CLAUDIO BENICIO; COSTA, ESTELA ARAUJO; MANCINI, MELINA CRISTINA; HOFFMANN, HERMANN PAULO; et al. GBS-based single dosage markers for linkage and QTL mapping allow gene mining for yield-related traits in sugarcane. BMC Genomics, v. 18, . (12/25236-4, 12/11109-0, 08/52197-4, 10/50031-1, 10/50091-4, 08/57908-6, 10/50549-0)
MANTELLO, CAMILA CAMPOS; CARDOSO-SILVA, CLAUDIO BENICIO; DA SILVA, CARLA CRISTINA; DE SOUZA, LIVIA MOURA; SCALOPPI JUNIOR, ERIVALDO JOSE; GONCALVES, PAULO DE SOUZA; VICENTINI, RENATO; DE SOUZA, ANETE PEREIRA. De Novo Assembly and Transcriptome Analysis of the Rubber Tree (Hevea brasiliensis) and SNP Markers Development for Rubber Biosynthesis Pathways. PLoS One, v. 9, n. 7, . (07/50562-4, 12/50491-8, 11/50188-0, 09/52975-0, 12/11109-0, 12/05473-1, 08/55974-1)
BARRETO, M. A.; ROSA, J. R. B. F.; HOLANDA, I. S. A.; CARDOSO-SILVA, C. B.; VILDOSO, C. I. A.; AHNERT, D.; SOUZA, M. M.; CORREA, R. X.; ROYAERT, S.; MARELLI, J.; et al. QTL mapping and identification of corresponding genomic regions for black pod disease resistance to three Phytophthora species in Theobroma cacao L.. EUPHYTICA, v. 214, n. 10, . (12/11109-0)
Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
SILVA, Cláudio Benício Cardoso da. Análise do transcriptoma e de sequências genômicas de variedades comerciais de cana-de-açúcar. 2015. Tese de Doutorado - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Biologia Campinas, SP.

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