Avaliação do desequilíbrio de ligação e estrutura populacional no germoplasma ex situ de seringueira (Hevea brasiliensis) através de marcadores moleculares SNP (Single Nucleotide Polymorphism)

Resumo

O desmatamento da Amazônia ameaça os recursos genéticos de muitas espécies nativas dessa região. Entre as espécies ameaçadas está o gênero Hevea, exclusivamente oriundo da floresta Amazônica. Hevea brasiliensis é uma espécie emblemática da região Amazônica, devido ao seu papel histórico no desenvolvimento econômico dos estados que compõem a Amazônia. Além disso, ela se tornou, no começo do século vinte, a base da indústria da borracha natural no mundo inteiro. Atualmente a indústria da borracha é desenvolvida principalmente em países do Sudeste Asiático, onde emprega milhões de pequenos agricultores. Entretanto, devido a um efeito forte efeito de restrição na base genética, mais de 95% das áreas cultivadas com seringueiras no mundo são plantadas com clones provenientes de apenas 5 a 10 árvores ditas "primárias". Este reduzido número de genótipos deram origem a todos os clones atualmente cultivados. A diversidade genética da espécie ainda está presente em populações nativas na área de distribuição natural, mas é ameaçada pelo ritmo aceleradode desmatamento. O objetivo central do presente projeto é a caracterização da diversidade genética de clones de seringueira coletados em diferentes regiões da Amazônia, por meio de marcadoresmoleculares do tipo "polimorfismo de uma única base" (single nucleotide polymorphism -SNP). Esses marcadores, serão desenvolvidos a partir da comparação de sequências de umbanco de ESTs (Expressed Sequence Tags) de seringueira e, a partir de resultados dotranscriptoma de seringueira (pelo sequenciamento de nova geração). Os SNPs desenvolvidosserão genotipados empregando-se um espectrômetro de massas MALDI-TOF (Sequenom). Os dados de variabilidade obtidos serão ampregados para a contrução de um mapa de associação, representando o germoplasma da Amazônia, atualmente presente nos bnacos de germoplasma e, portanto disponível ao melhoramento genético.As atividades de pesquisa estão estruturadas em: (1) coleta de amostras de DNA de seringueiras em coleções ex situ existentes no Brasil; (2) Detecção de SNPs a partir de sequencias de bibliotecas de cDNA e do transcriptoma de Hevea (sequências já disponíveis no laboratório para uso e análise nesse projeto); (3) Desenvolvimento dos SNPs; (4) Caracterização e genotipagem das amostras de DNA com os SNPs selecionados; (5) Análise dos dados de diversidade genética obtidos e (6) Estudo do desequilíbrio de ligação nogermoplasma ex situ, com a geração de um mapa de associação utilizando os dados dediversidade genética a partir de SNPs.Todos os resultados de variabilidade genética e do desequilíbrio de ligação gerados, bem como os e recursos genômicos (SNPs) desenvolvidos no presente projeto serão úteis aosestudos de genética e aos programas de melhoramento da H. brasiliensis, visando o aumentoda produção de borracha. Os resultados também serão uteis aos esforços para a conservação as espécies de Hevea na Amazônia. Eles auxiliarão os pesquisadores e formadores de políticas públicas nas resoluções adequadas a serem tomadas a fim de otimizar a conservação da diversidadegenética da seringueira e espécies aparentadas.