Análise do perfil de expressão por RNA-seq e identificação de genes envolvidos na resposta ao frio em seringueira

Resumo

A borracha natural é utilizada para fabricação de mais de 40.000 produtos tendo papel fundamental na indústria de pneus. Dentre todas as espécies que produzem látex, a seringueira [Hevea brasiliensis (Willd. ex Adr. de Juss.) Muell-Arg.], planta nativa da região Amazônica, é a maior fonte de borracha natural do mundo. Apesar de a seringueira ser uma planta nativa da região Amazônica onde as condições são ótimas para seu crescimento e produtividade, nesta região ocorre o fungo Microcyclus ulei causador do SALB (South American leaf bligth) ou mal-das-folhas, principal doença que acomete a heveicultura no Brasil. Dessa forma, o plantio da seringueira se expandiu para áreas de escape que apresentam novas condições de estresse como vento e temperaturas mais baixas e por este motivo, o melhoramento genético vem buscando clones adaptados a estas regiões. Como o ciclo de melhoramento genético da seringueira, que vai do cruzamento para obtenção das progênies recombinantes até a recomendação final, demora aproximadamente 30 anos para se concretizar, torna-se fundamental o desenvolvimento de novas técnicas de avaliação precoce, que possibilitem diminuir e otimizar as avaliações para esta cultura. Técnicas como o sequenciamento de RNA mensageiro (RNAm) em plataformas de sequenciamento de nova geração (RNA-seq) se tornaram uma ferramenta importante, auxiliando a busca de genes responsáveis por caracteres agronômicos de interesse. O RNA-seq permite obter o perfil do transcriptoma, além de ser ponto de partida para a identificação de transcritos novos e/ou raros e é uma ferramenta poderosa para estudos de expressão gênica. Até o momento, estão disponíveis transcriptomas descritivos de seringueira obtidos por RNA-seq, para tecidos como folha, látex e painel, porém nenhum destes trabalhos teve como objetivo estudar o perfil de expressão gênica sob condições de estresse importantes para os programas de melhoramento. Dessa forma, o presente trabalho tem como objetivo traçar o perfil de expressão gênica em resposta ao frio e identificar genes envolvidos na tolerância a este estresse, bem como identificar marcadores microssatélites (SSRs- Simple Sequence Repeats) e Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) relacionados aos genes de interesse. (AU)