Comparação entre o microbioma do trato respiratório de aves saudáveis e aves diagnosticadas com colibacilose

Autor(es)

Mariana Silveira Derami

• Tipo de documento: Dissertação de Mestrado
• Imprenta: Campinas, SP.
• Instituição: Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Biologia
• Data de defesa: 2019-11-14

Membros da banca

Wanderley Dias da Silveira; Domingos da Silva Leite; Márcio André Miranda

• Orientador: Wanderley Dias da Silveira; Renato Pariz Maluta

Resumo

A presença de doenças nos pulmões altera as condições necessárias para o crescimento microbiano no trato respiratório, podendo alterar a composição da microbiota residente. Em aves, linhagens de Escherichia coli patogênicas (APEC - Avian Pathogenic Escherichia coli) estão associadas a doenças no trato respiratório. Pouco se conhece a respeito da microbiota do trato respiratório de aves. Neste trabalho, o microbioma do trato respiratório de aves saudáveis (n = 6) e aves diagnosticadas com colibacilose (n = 14) foi identificado e comparado através da coleta de fragmentos do pulmão e traqueia. O microbioma foi acessado através da técnica de 16S rRNA next-generation sequencing (NGS). Não se observou diferença significativa na comparação da média do número de táxons detectados no grupo de aves saudáveis (153,5 ± 64,22) em comparação com o grupo de aves doentes (101,57 ± 58,43) (p = 0,0935), assim como na avaliação da riqueza e diversidade, pelos índices de Chao1 e Shannon. Os táxons mais abundantes encontrados em amostras de aves doentes, foram Eschericha/Shigela e Lactobacillus com uma abundância de 36,6 e 50,3 vezes em relação às aves saudáveis, respectivamente. Em amostras de aves saudáveis o táxon mais presente foi Staphylococcus. Os resultados demonstram que há uma tendência na diminuição da riqueza e diversidade microbiana no trato respiratório de aves diagnosticadas com colibacilose. Através da técnica de eletroforese de campo pulsado (PFGE), o perfil genômico de 22 isolados de E. coli positivos para todos os marcadores de APEC (ompT, iss, hlyF, iroN e iutA) foram distribuídos em 14 pulsotipos. O sequenciamento de um isolado de cada pulsotipo permitiu a montagem de uma árvore filogenética que em comparação com o dendrograma, apresentou padrão diferente no agrupamento das amostras (AU)

• Processo FAPESP: 17/21904-6 - Comparação entre genomas de APEC e genomas de cepas comensais de Escherichia coli
• Beneficiário: Mariana Silveira Derami
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado