Mapeamento de epitopos para células B de bovinos em antígenos de carrapatos: uma análise comparativa entre métodos in silico e in vitro

Autor(es)

Luiz Gustavo Nogueira de Almeida

• Tipo de documento: Dissertação de Mestrado
• Imprenta: Ribeirão Preto.
• Instituição: Universidade de São Paulo (USP). Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (PCARP/BC)
• Data de defesa: 2019-04-30

Membros da banca

Isabel Kinney Ferreira de Miranda Santos

• Orientador: Isabel Kinney Ferreira de Miranda Santos

Resumo

Carrapatos são os mais importantes vetores para a transmissão de doenças para bovinos, e por isso o controle eficiente das infestações é de grande interesse. Vacinas multi-antigênicas baseadas em antígenos recombinantes salivares tem demonstrado boa atividade anti-carrapatos, mas seu desenvolvimento é complexo. Este processo pode ser facilitado pelo uso de ferramentas in silico para a predição de epitopos em antígenos de interesse. No entanto, não há dados disponíveis sobre a utilidade destes métodos, construídos com bases de dados humanas e murinas, para a identificação de epitopos reconhecidos por anticorpos bovinos. Neste trabalho, nós investigamos em antígenos de carrapatos se há uma correspondência entre a predição in silico e o mapeamento in vitro de epitopos para células B. Para tal, nós submetemos nove sequências proteicas de antígenos presentes na saliva do carrapatos Rhipicephalus microplus à modelagem tridimensional e predição de epitopos contínuos e descontínuos pelas ferramentas Bebipred e Epitopia, respectivamente. Concomitantemente, nós imunizamos bovinos com os mesmos antígenos recombinantes para a produção de soro hiperimune ao pool de antígenos, e verificamos a reatividade deste soro com mimotopos identificados por phage display utilizado IgY-antígeno específico no biopanning. As predições bioinformáticas indicaram a ocorrência de 46% a 94% de aminoácidos antigênicos nas sequências analisadas, enquanto que o mapeamento in vitro identificou cerca de 20% a 42% de aminoácidos antigênicos para os diferentes antígenos. Observamos a ocorrência de grande sobreposição dos aminoácidos antigênicos identificados in vitro com aqueles preditos in silico, porém grande parte dos aminoácidos preditos não foram identificados in vitro. Dessa forma, torna-se necessário o ajuste dos parâmetros utilizados na predição, visto que a sua otimização pode resultar em uma análise mais acurada pelas ferramentas de bioinformática. No entanto, com a atual metodologia, as ferramentas in silico são úteis para a exclusão de sequências que não são características de epitopos. Essa abordagem pode ser utilizada para a identificação e restrição de regiões dos antígenos com pouca antigenicidade predita, estratégia que pode reduzir o número de sequências a serem avaliadas como candidatos vacinais e também facilitar a construção de vacinas multi-antigênicas. (AU)

• Processo FAPESP: 17/14297-6 - Identificação de epítopos de proteínas salivares de Rhipicephalus microplus para desenvolvimento de uma vacina multicomponente
• Beneficiário: Luiz Gustavo Nogueira de Almeida
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado