Construção e análise da rede integrada de interações entre genes humanos envolvida com a regulação da trnsição G1/S do ciclo celular plea adesão à matriz extracelular

Autor(es)

Marcio Luis Acencio

• Tipo de documento: Tese de Doutorado
• Imprenta: Botucatu. 2014-06-11.
• Instituição: Universidade Estadual Paulista (Unesp). Instituto de Biociências. Botucatu
• Data de defesa: 2011-03-29
• Orientador: Ney Lemke

Resumo

Virtualmente, todas as células normais, com exceção das células hematopoieticas, precisam estar aderi das à matriz extracelular para que elas possam se proliferar. Na ausência de adesão, essas células não se proliferam mais e acabam sofrendo apoptose. Porém, após transformação oncogênica, as células adquirem a capacidade de proliferação na ausência de adesão à matriz extracelular. Essa capacidade, cuja base molecular está na regulação anormal da transição G tiS do ciclo celular pela adesão, é uma das propriedades fundamentais das células cancerosas e também requisito para que essas células adquiriam sua capacidade metastática. Como as metástases correspondem a aproximadamente 90% das mortes por câncer, a elucidação dos mecanismos moleculares subjacentes à regulação da transição G IIS do ciclo celular pela adesão à matriz extracelular é, portanto, essencial para o desenvolvimento de drogas que possam inibir a formação das metástases. Com o intuito de elucidar esses mecanismos, nós adotamos neste trabalho uma abordagem estritamente computacional baseada em teoria das redes e aprendizado de máquina através do desenvolvimento de novos métodos de (i) construção de redes que representam a provável regulação entre dois diferentes processos (nesse caso, regulação da transição G l/S pela adesão à matriz extracelular), (á) predição de interações oncogênicas, (iii) determinação de sub-redes de vias de sinalização oncogênica entre dois genes de interesse em uma rede (batizado de graph2sig) e (iv) predição de potenciais alvos de drogas. A rede potencialmente envolvida na regulação da transição G l/S do ciclo celular pela matriz extracelular construída (Gccam) possui ~ 2000 genes e ~ 20.000 interações e representa ~ 78% dos processos biológicos conhecidamente envolvidos nessa regulação... (AU)

• Processo FAPESP: 07/01213-7 - Construção in silico da rede integrada de interações moleculares envolvida com a regulação do ciclo celular pela adesão à matriz extracelular em Homo sapiens
• Beneficiário: Marcio Luis Acencio
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado