Regimes de frustração ótima em enovelamento de proteínas com modelos baseado em estrutura

Autor(es)

Débora Tavares de Lima

• Tipo de documento: Dissertação de Mestrado
• Imprenta: São José do Rio Preto. 2014-06-11.
• Instituição: Universidade Estadual Paulista (Unesp). Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas. São José do Rio Preto
• Data de defesa: 2012-06-01
• Orientador: Vitor Barbanti Pereira Leite

Resumo

Por meio de simulações computacionais, acompanhamos o processo de enovelamento de um conjunto de proteínas. Neste estudo utilizamos a abordagem conhecida como teoria de Superfície de Energia (Energy Landscape), que trata o enovelamento por uma descrição estatística. O modelo utilizado foi um modelo baseado em estrutura. Para investigarmos os efeitos das interações não nativas no enovelamento de um grupo de proteínas, acrescentamos um termo de frustração ao potencial de energia. Os resultados obtidos a partir dos estudos das propriedades termodinâmicas e cinéticas das proteínas, mostraram que para um grupo de proteínas a frustração ajudou o enovelamento e para outro grupo a frustração atrapalhou. Analizando propriedades como ordem de contato absoluta, tamanho da proteína e barreira de energia livre, foi possível obter um limiar em que a frustração auxilia no enovelamento. Para encontrarmos um limiar, foi necessário uma quantidade grande de proteínas de diferentes tamanhos e diferentes motifs (AU)

• Processo FAPESP: 10/04905-0 - Caracterização termodinâmica do enovelamento de proteínas usando modelos baseados em estrutura
• Beneficiário: Débora Tavares de Lima
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado