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André Fujita
CV Lattes
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Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Matemática e Estatística (IME) (Instituição-sede da última proposta de pesquisa) País de origem: Brasil
possui graduação em Ciência da Computação (2003), doutorado em Bioinformática (2007) e livre-docência (2016), todos pela Universidade de São Paulo. Realizou pós-doutorado no Instituto de Ciências Médicas da Universidade de Tóquio (2007-2009) e no Computational Science Research Program do RIKEN (2009-2011) (Japão). Foi Pesquisador Visitante do Cancer Research Institute da Universidade de Kanazawa (Japão) em 2014 e 2015. Atualmente é pesquisador convidado na Universidade de Leipzig (Alemanha). Recebeu prêmios de melhor tese em ciência da computação pela Sociedade Brasileira de Computação (SBC), Menção Honrosa no prêmio CAPES de teses na área de Ciências Biológicas I, Jovem Pesquisador Destaque pela Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional (AB3C) e Fellowships do Alexander von Humboldt Foundation (Alemanha), Academy of Medical Sciences - Newton Advanced Fund (the Royal Society, Reino Unido), Special Postdoctoral Researcher Program (RIKEN - Japão). Trabalha com temas relacionados à conectividade e métodos estatísticos em grafos, ambos com aplicações na análise de dados biológicos em larga escala ("omics", EEG, fMRI). Atualmente é Professor Associado do Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo (USP) e vice-coordenador do programa de pós-graduação interunidades em bioinformática. A página pessoal encontra-se em: http://www.ime.usp.br/~fujita (Fonte: Currículo Lattes)
Auxílios à pesquisa
- Métodos estatísticos para grafos com aplicações em ciências da vida, AP.R
Resumo
Recentemente tem sido demonstrado que as estruturas da rede funcional do cérebro e das redes regulatórias de genes são mais adequadas para caracterizar os estados do organismo biológico do que a análise individual de suas partes. Além disso, é sabido que tais redes não são exatamente iguais mesmo entre indivíduos do mesmo grupo devido a variabilidade intrínseca. Assim, métodos tradicio...
- Desenvolvimento de técnicas estatístico-computacionais para construir, modelar e analisar redes biológicas envolvidas em doenças humanas, AP.R
Resumo
O entendimento dos mecanismos geradores das diversas doenças que acometem a humanidade é um dos grandes objetivos das ciências biológicas. Apesar de todos os esforços, o enorme número de fatores heterogêneos que influenciam na gênese de uma doença torna essa tarefa muito árdua. Um dos desafios para o entendimento das doenças está no desenvolvimento de metodologias computacionais para a...
- Causalidade de Granger entre grupos de séries temporais: desenvolvimento de metodologias para seleção de modelos e extensões no domínio da frequência com aplicações em biologia molecular e neurociência, AP.R
Resumo
Wiener (1956) e Granger (1969) introduziram um conceito intuitivo de causalidade (causalidade de Granger) entre duas variáveis que é baseada na ideia de que um efeito nunca ocorre antes de sua causa. Apesar da causalidade de Granger não ser uma "causalidade efetiva" no sentido Aristotélico, este conceito é muito útil para identificar direcionalidade e fluxo de informação em dados obser...
Bolsas no país
- Identificação de variáveis associadas à estrutura de grafos e aplicações em neurociência, BP.DR
Resumo
O corpo caloso é a maior estrutura de matéria branca do cérebro humano. Uma das suas funções é facilitar a interação entre os hemisférios esquerdo e direito. Anormalidades na morfologia do corpo caloso já foram reportadas em diversos transtornos neuropsiquiátricos, como esquizofrenia, transtorno do espectro autista, transtorno de déficit de atenção e hiperatividade, síndrome da mão al...
- Decifrando as redes regulatórias de genes: interpretando correlações, dependência e causalidade em redes biológicas, BP.MS
Resumo
Os avanços tecnológicos e da pesquisa em áreas como genômica, transcriptômica e proteômica têm produzido massas enormes de dados que, na maioria das vezes, só podem ser analisados utilizando técnicas estatísticas, matemáticas e computacionais. Essas análises têm como principal objetivo, gerar conhecimentos que possam auxiliar no desenvolvimento de métodos para diagnóstico, prognóstico ...
- Desenvolvimento de métodos estatístico-computacionais para análise de grafos com aplicações em redes biológicas, BP.MS
Resumo
As estruturas cerebrais e suas redes funcionais, redes de interação proteína-proteína e redes regulatórias de genes são apenas alguns exemplos de sistemas biológicos que apresentam características de redes complexas, tais como vértices altamente conectados, modularidade e topologia de mundo pequeno. Estudos recentes indicam que algumas patologias apresentam alterações nas estruturas da...
Bolsas no exterior
- Estratificação de desordens psiquiátricas utilizando análises discriminante e de agrupamento para redes, BE.PQ
Resumo
Existem pelo menos três razões principais para a dificuldade em reduzir o número de pessoas que abusam de álcool, ou sofrem de depressão ou transtorno de déficit de atenção e hiperatividade (TDAH). São elas (i) o diagnóstico tardio num momento quando a psicopatologia já está bastante avançada, (ii) uma classificação baseada em critérios subjetivos, i.e., baseada na observação do compor...
- Comportamento assintótico de estimadores de parâmetros e estatísticas de teste para grafos, BE.EP.DR
Resumo
A teoria dos grafos é utlizada em muitas áreas do conhecimento. Por exemplo, em biologia molecular grafos podem representar redes de interação proteína-proteína ou redes de regulação genética; e em neurociência eles são utilizados para estudar redes funcionais do cérebro. Como redes do mundo real usualmente apresentam flutuações intrínsecas (por exemplo, redes funcionais do cérebro pod...
*Quantidades atualizadas em 16/02/2019
Análise espectral
Análise estatística de dados
Big data
Bioinformática
Biologia computacional
Biologia molecular
Causalidade de Granger
Ciência da Computação
Ciências Exatas e da Terra
Comportamento e mecanismos comportamentais
Conectividade cerebral
Corpo caloso
Densidade espectral
Estatística computacional
Estatística
Expressão gênica
Grafos aleatórios
Interdisciplinar
Matemática da Computação
Metodologia e Técnicas da Computação
Modelagem de dados
Neoplasias cerebrais
Neurociências
Neuroimagem
Redes complexas
Regulação da expressão gênica
Regulação gênica
Ressonância magnética
Teoria dos grafos
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
| Publicações | 13 |
| Citações | 92 |
| Cit./Artigo | 7,1 |
| Dados do Web of Science | |
SATO, JOAO RICARDO; BALARDIN, JOANA; VIDAL, MACIEL CALEBE; FUJITA, ANDRE. Identification of segregated regions in the functional brain connectome of autistic patients by a combination of fuzzy spectral clustering and entropy analysis. JOURNAL OF PSYCHIATRY & NEUROSCIENCE, v. 41, n. 2, p. 124-132, MAR 2016. Citações Web of Science: 4. (11/50761-2, 14/09576-5)
SATO, JOAO RICARDO; VIDAL, MACIEL CALEBE; SANTOS, SUZANA DE SIQUEIRA; MASSIRER, KATLIN BRAUER; FUJITA, ANDRE. Complex Network Measures in Autism Spectrum Disorders. IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS, v. 15, n. 2, p. 581-587, MAR-APR 2018. Citações Web of Science: 1. (13/03447-6, 13/10498-6, 12/00195-3, 13/00506-1, 14/09576-5)
VIDAL, MACIEL C.; SATO, JOAO R.; BALARDIN, JOANA B.; TAKAHASHI, DANIEL Y.; FUJITA, ANDRE. ANOCVA in R: A Software to Compare Clusters between Groups and Its Application to the Study of Autism Spectrum Disorder. FRONTIERS IN NEUROSCIENCE, v. 11, JAN 24 2017. Citações Web of Science: 1. (15/01587-0, 13/03447-6, 13/10498-6, 14/09576-5, 16/13422-9)
FONSECA, MONIQUE T.; RODRIGUES, ABNER C.; CEZAR, LUANA C.; FUJITA, ANDRE; SORIANO, FRANCISCO G.; STEINER, ALEXANDRE A.. Spontaneous hypothermia in human sepsis is a transient, self-limiting, and nonterminal response. Journal of Applied Physiology, v. 120, n. 12, p. 1394-1401, JUN 15 2016. Citações Web of Science: 7. (14/09576-5, 12/03831-8, 11/50761-2, 13/00506-1, 09/15530-0)
SANTOS, SUZANA DE SIQUEIRA; DE ALMEIDA GALATRO, THAIS FERNANDA; WATANABE, RODRIGO AKIRA; OBA-SHINJO, SUELI MIEKO; NAGAHASHI MARIE, SUELY KAZUE; FUJITA, ANDRE. CoGA: An R Package to Identify Differentially Co-Expressed Gene Sets by Analyzing the Graph Spectra. PLoS One, v. 10, n. 8, AUG 27 2015. Citações Web of Science: 5. (13/03447-6, 12/25417-9, 11/50761-2, 14/09576-5)
KINKER, GABRIELA SARTI; THOMAS, ANDREW MALTEZ; CARVALHO, VINICIUS JARDIM; LIMA, FELIPE PRATA; FUJITA, ANDRE. Deletion and low expression of NFKBIA are associated with poor prognosis in lower-grade glioma patients. SCIENTIFIC REPORTS, v. 6, APR 7 2016. Citações Web of Science: 3. (15/01507-7, 14/27287-0, 13/03447-6, 15/01587-0, 14/09576-5)
FUJITA, ANDRE; TAKAHASHI, DANIEL Y.; PATRIOTA, ALEXANDRE G.; SATO, JOAO R.. A non-parametric statistical test to compare clusters with applications in functional magnetic resonance imaging data. STATISTICS IN MEDICINE, v. 33, n. 28, p. 4949-4962, DEC 10 2014. Citações Web of Science: 2. (13/10498-6, 14/09576-5, 11/50761-2, 12/21788-2)
AZEVEDO, HATYLAS; FUJITA, ANDRE; BANDO, SILVIA YUMI; IAMASHITA, PRISCILA; MOREIRA-FILHO, CARLOS ALBERTO. Transcriptional Network Analysis Reveals that AT1 and AT2 Angiotensin II Receptors Are Both Involved in the Regulation of Genes Essential for Glioma Progression. PLoS One, v. 9, n. 11, NOV 3 2014. Citações Web of Science: 9. (11/07762-8, 05/56446-0, 11/50761-2, 09/53443-1)
SANTOS, SUZANA DE SIQUEIRA; TAKAHASHI, DANIEL YASUMASA; NAKATA, ASUKA; FUJITA, ANDRE. A comparative study of statistical methods used to identify dependencies between gene expression signals. BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS, v. 15, n. 6, p. 906-918, NOV 2014. Citações Web of Science: 22. (11/07762-8, 13/03447-6, 11/50761-2, 12/25417-9)
FUJITA, ANDRE; TAKAHASHI, DANIEL Y.; PATRIOTA, ALEXANDRE G.. A non-parametric method to estimate the number of clusters. COMPUTATIONAL STATISTICS & DATA ANALYSIS, v. 73, p. 27-39, MAY 2014. Citações Web of Science: 23. (11/07762-8)
FUJITA, ANDRE; TAKAHASHI, DANIEL YASUMASA; BALARDIN, JOANA BISOL; VIDAL, MACIEL CALEBE; SATO, JOAO RICARDO. Correlation between graphs with an application to brain network analysis. COMPUTATIONAL STATISTICS & DATA ANALYSIS, v. 109, p. 76-92, MAY 2017. Citações Web of Science: 0. (13/10498-6, 16/13422-9, 13/00506-1, 15/01587-0)
GUZMAN, GROVER E. C.; SATO, JOAO R.; VIDAL, MACIEL C.; FUJITA, ANDRE. Identification of alterations associated with age in the clustering structure of functional bra in networks. PLoS One, v. 13, n. 5, MAY 24 2018. Citações Web of Science: 0. (16/13422-9, 15/01587-0)
TAKAHASHI, DANIEL YASUMASA; SATO, JOAO RICARDO; FERREIRA, CARLOS EDUARDO; FUJITA, ANDRE. Discriminating Different Classes of Biological Networks by Analyzing the Graphs Spectra Distribution. PLoS One, v. 7, n. 12, DEC 19 2012. Citações Web of Science: 15. (11/07762-8, 10/01394-4)
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