Resumo
Aquisição de cluster HPC de computadores como EMU no âmbito do Centro de Pesquisa de Computação em Engenharia e Ciências (AU)
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Munir Salomao Skaf
CV Lattes
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Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Química (IQ) (Instituição-sede da última proposta de pesquisa) País de origem: Brasil
Possui graduação em Física pela Universidade Estadual de Campinas (1984), doutorado (PhD) - State University of New York at Stony Brook (1991), pós-doutorado pela Colorado State University, EUA (1991-1993) e Livre Docente pela Universidade Estadual de Campinas (1999). Foi Professor Visitante do Institute for Theoretical Chemistry, Universidade do Texas, Austin-TX, EUA (2000-2001). Atualmente é Professor Titular do Instituto de Química da UNICAMP. Tem experiência nas áreas de Física e Química, com ênfase em Química Teórica, atuando principalmente nos seguintes temas: simulação por dinamica molecular, termodinâmica estatística, estrutura e dinâmica de líquidos, dinâmica de proteinas e outros sistemas biomoleculares, reações enzimáticas e simulações por QM/MM. Foi Pró-Reitor de Pesquisa da UNICAMP gestão 2017-2021 e é atualmente diretor do CEPID/FAPESP Center for Computing in Engineering and Sciences (https://cces.unicamp.br/). (Fonte: Currículo Lattes)
| Matéria(s) publicada(s) na Revista Pesquisa FAPESP sobre o(a) pesquisador(a): |
| Frío por un hilo |
| Frío por un hilo |
| El planeta plástico |
| El planeta plástico |
| Reutilizar, reemplazar, degradar |
| Reutilizar, reemplazar, degradar |
| Un filtro distinto |
| Un filtro distinto |
| Sólidos bien maleables |
| Sólidos bem maleáveis |
| Matéria(s) publicada(s) no Pesquisa para Inovação FAPESP sobre o(a) pesquisador(a): |
| Voo de coruja inspira indústria aeronáutica a projetar aviões mais silenciosos |
| Workshop da Embrapii |
| Unicamp lança portal que conecta pesquisadores a equipamentos e serviços da universidade |
| Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre o(a) pesquisador(a) |
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| Matéria(s) publicada(s) em Outras Mídias (0 total): |
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Auxílios à pesquisa
- EMU concedido no Proc. 2013/08293-7, KAHUNA upgrade - HPE Apollo Gen10 Supercomputer, AP.EMU
- CECC - Centro de Engenharia e Ciências Computacionais, AP.CEPID
Resumo
Propõe-se a criação de um centro multidisciplinar de alto nível, dedicado ao desenvolvimento e aplicação de métodos computacionais avançados e que venha solucionar problemas de fronteira nas ciências e engenharias, bem como promover avanços substantivos em inovação tecnológica e difusão desta área do conhecimento, a qual tem sido denominada e-Science. O "Centro de Engenharia e Ciências Co…
- In silico screening and understanding of advanced nano-materials for molecular capture related to clean energy applications, AP.R
Resumo
Muitas áreas das ciências e engenharia se beneficiam de simulações computacionais. Os exemplos mais comuns incluem, por exemplo, o desenho computacional de automóveis e aviões. No plano da nanotecnologia, a situação não é diferente, exceto que neste ramo as simulações se dão em escalas atômicas e moleculares. Simulações computacionais constituem ferramenta indispensável para se acessar de…
- Structure and function of enzymes and auxiliary proteins from Trichoderma, active in cell-wall hydrolysis, AP.BIOEN.TEM
Resumo
Lignocellulosic biomass, such as sugarcane bagasse, holds a promise of environmentally friendly bioenergy production in Brazil. However, enzymatic hydrolysis, currently considered a method of choice in biomass saccharification, is hampered by considerable cell-wall recalcitrance. To make this technology sustainable and cost effective, our comprehension of cellulose enzymatic hydrolysis sh…
- 15.0 simposio brasileiro de quimica teorica | pocos de caldas - mg, AO.R
Bolsas no país
- Modelagem molecular de enzimas ativas em substratos lignocelulósicos, BP.DR
Resumo
A biomassa lignocelulósica é uma fonte renovável extremamente importante de biomateriais e energia. Os polissacarídeos presentes nas plantas, compostos principalmente por fibras de celulose, são a maior fonte de carboidratos da Terra, enquanto a lignina, outro componente importante das paredes celulares das plantas, é a segunda maior fonte de compostos aromáticos, sendo superada apenas pe…
- Simulações de dinâmica molecular de enzimas de interesse biotecnológico, BP.PD
Resumo
Propomos a aplicação de extensas técnicas clássicas de simulação MD e QM/MM para projetar mutações que possam aumentar a estabilidade térmica e a eficiência catalítica de enzimas para aplicações industriais. O foco principal do projeto será em xilanases e outras hidrolases glicosídicas (GHs) para sacarificação de polissacarídeos lineares de biomassa lignocelulósica, mas outras enzimas de …
- Mecanismos de reação de enzimas e aprimoramento catalítico com base em estados de transição e algoritmos de aprendizado de máquina, BP.PD
Resumo
O tema desta pesquisa de pós-doutorado é o estudo de mecanismos de reação e eficiência catalítica de enzimas ativas em substratos lignocelulósicos usando técnicas avançadas de modelagem molecular. As enzimas de interesse são principalmente Esterases (por exemplo, Glucuronil Esterases - GEs, Feruloil Esterases - FAEs) e ²-glicosidases Glicosídeo Hidrolases (GHs). GEs/FAEs e GHs estão envol…
- Arquitetura mesoscópica de fibras lignocelulósicas, BP.PD
Resumo
Neste projeto, aplicaremos técnicas de otimização de topologia estrutural baseadas em métodos de elementos finitos (FEM) e descrições atomísticas ou de partículas (Molecular Dynamics - MD ou Discrete Element Method - DEM) dos diferentes constituintes poliméricos para estudar propriedades térmicas e mecânicas de fibras lignocelulósicas. O principal desafio é propor novas estratégias evolut…
- Modelagem de enzimas e complexos proteicos associados com a degradação de celulose, BP.PD
Resumo
Técnicas de metagenômica e de modelagem de proteínas por dinâmica molecular serão combinadas para identificar e estudar novas enzimas candidatas para a degradação de biomassa lignocelulósica com vistas à produção de etanol de segunda geração.
- Modelagem molecular de enzimas ativas sobre carboidratos, BP.DR
Resumo
Aqui, propomos aplicar técnicas modernas de simulação de dinâmica molecular (MD) para estudar enzimas de interesse para conversão de biomassa celulósica. O foco principal da pesquisa proposta está nos CBHs e EGs e outras enzimas de fungos e bactérias. Nosso interesse mais especificamente aqui é explorar a ligação do substrato de proteína-celulose no nível atomístico e entender os mecanism…
Bolsas no Exterior
- Diagnose de osteoporose através de uma modelagem multiescala de fratura óssea usando o método dos elementos de contorno, dinâmica molecular e outros métodos computacionais, BE.EP.DD
Resumo
Fratura óssea induzida por osteoporose tem se tornado um grande problema de saúde. O aumento da expectativa de vida resulta em uma maior fração da população afetada por osteoporose, uma doença crônica que aumenta o risco de fratura óssea deteriorando a estrutura do tecido desde a escala molecular até a escala macro. Se as tecnologias atuais de diagnóstico médico não melhorarem, fraturas ó…
- Modelagem molecular da atividade da enzima GcoA sobre lignina, BE.EP.DR
Resumo
A lignina é um biopolímero heterogêneo presente nas paredes celulares das plantas e desempenha um papel estrutural importante. Dada a sua abundância (o segundo biopolímero mais abundante na Terra), a lignina é a principal fonte de carbono aromático do planeta, o que destaca a oportunidade de aproveitar esta fonte renovável de produtos químicos valiosos. Os monômeros de lignina podem ser f…
- Descoberta em larga escala dos perfis de energia de nanocorpos naturais e desenhados, BE.EP.PD
Resumo
Durante a evolução, somente uma pequena fração do espaço das sequências de proteínas foi amostrado. A área de design de proteínas de novo tem como objetivo explorar o espaço de sequências não visto durante a evolução para customizar proteínas com diversas aplicações em biologia e ciências de materiais. Por muitos anos, a área dependeu de testar experimentalmente uma proteína por vez com u…
- Simulações de QM/MM-TPS de transglicosilases líticas, BE.EP.DR
Resumo
A biomassa lignocelulósica é a maior fonte de biopolímeros na Terra e possui potencial incomparável para produção de biocombustíveis, materiais e produtos químicos. Esses biopolímeros exibem resistência contra degradação térmica, química e enzimática (recalcitrância), o que está relacionado à arquitetura molecular e à natureza química desses. Compreender o mecanismo de ação das enzimas at…
- Simulações de QM/MM híbridas de feruloil esterases: mecanismo de clivagem de complexos lignina-carboidrato em paredes celulares de plantas, BE.EP.PD
Resumo
Biomassa lignicelulósica constitui uma enorme fonte de biopolímeros que podem ser utilizados para a produção de biocombustíveis e produtos químicos com alto valor agregado. Devido à resistência natural à degradação das paredes celulares de plantas (recalcitrância), os coquetéis enzimáticos usualmente empregados para a despolimerização de seus componentes não são efetivos em aplicações ind…
- Paulo Cesar Telles de Souza
- Érica Teixeira Prates
- Rodrigo Leandro Silveira
- Lucimara Ramos Martins
- Leandro Martinez
- Tatiana Mello da Costa Faro
- Clarisse Gravina Ricci
- Caroline Simões Pereira
- Allan Jhonathan Ramos Ferrari
- Artur Hermano Sampaio Dias
- Amadeus Cavalcanti Salvador de Alcântara
- Monica Andrea Pickholz
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Simulação por computador
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