Resumo
Aquisição de cluster HPC de computadores como EMU no âmbito do Centro de Pesquisa de Computação em Engenharia e Ciências (AU)
Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Química (IQ) (Instituição Sede da última proposta de pesquisa) País de origem: Brasil
Possui graduação em Física pela Universidade Estadual de Campinas, doutorado pela State University of New York at Stony Brook, pós-doutorado pela Colorado State University e Livre Docente pela Universidade Estadual de Campinas. Foi Professor Visitante do Institute for Theoretical Chemistry, Universidade do Texas, Austin. Munir Skaf é Professor Titular do Instituto de Química da UNICAMP desde 2011 e possui larga experiência em biofísico-química, com ênfase em Química Teórica Computacional, atuando principalmente nos seguintes temas: simulação por dinamica molecular, termodinâmica estatística, relação entre dinâmica, estrutura e função sistemas biomoleculares, reações enzimáticas e simulações por QM/MM. Mais recentemente tem se dedicado a aplicações de métodos de inteligência artificial e aprendizado de máquina para o estudo de proteínas e outras áreas da quimioinformática. Foi Pró-Reitor de Pesquisa da UNICAMP gestão 2017-2021 e é atualmente diretor do CEPID/FAPESP Center for Computing in Engineering and Sciences (https://cces.unicamp.br/). É Pesquisador Nível 1A do CNPq. (Fonte: Currículo Lattes)
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Aquisição de cluster HPC de computadores como EMU no âmbito do Centro de Pesquisa de Computação em Engenharia e Ciências (AU)
Propõe-se a criação de um centro multidisciplinar de alto nível, dedicado ao desenvolvimento e aplicação de métodos computacionais avançados e que venha solucionar problemas de fronteira nas ciências e engenharias, bem como promover avanços substantivos em inovação tecnológica e difusão desta área do conhecimento, a qual tem sido denominada e-Science. O "Centro de Engenharia e Ciências Co…
Muitas áreas das ciências e engenharia se beneficiam de simulações computacionais. Os exemplos mais comuns incluem, por exemplo, o desenho computacional de automóveis e aviões. No plano da nanotecnologia, a situação não é diferente, exceto que neste ramo as simulações se dão em escalas atômicas e moleculares. Simulações computacionais constituem ferramenta indispensável para se acessar de…
Lignocellulosic biomass, such as sugarcane bagasse, holds a promise of environmentally friendly bioenergy production in Brazil. However, enzymatic hydrolysis, currently considered a method of choice in biomass saccharification, is hampered by considerable cell-wall recalcitrance. To make this technology sustainable and cost effective, our comprehension of cellulose enzymatic hydrolysis sh…
A degradação enzimática da biomassa lignocelulósica é crucial para a produção de biocombustíveis e produtos bioquímicos, oferecendo uma alternativa sustentável aos combustíveis fósseis. A celobiohidrolase Cel7A é uma das celulases mais eficientes envolvidas nesse processo, catalisando a hidrólise da celulose em celobiose. No entanto, a celobiose e outros carboidratos, incluindo glicose, m…
A celulose, o biopolissacarídeo mais abundante do planeta, exibe propriedades mecânicas notáveis devido à sua estrutura hierárquica e extensa rede de ligações de hidrogênio. No entanto, suas fortes interações inter- e intramoleculares dificultam a dissolução, necessitando de sistemas de solventes especializados para uma fibrilação eficaz. Este estudo empregará simulações de dinâmica molec…
A biomassa celulósica é um biorrecurso abundante com diversas aplicações, incluindo a geração de energia renovável e a fabricação de materiais estruturais refinados e biodegradáveis, o que impulsionou a expansão da síntese química utilizando derivados de celulose. No entanto, seu processamento em escala industrial enfrenta desafios significativos, principalmente devido ao alto consumo de …
O tema desta pesquisa de pós-doutorado é o estudo de mecanismos de reação e eficiência catalítica de enzimas ativas em substratos lignocelulósicos usando técnicas avançadas de modelagem molecular. As enzimas de interesse são principalmente Esterases (por exemplo, Glucuronil Esterases - GEs, Feruloil Esterases - FAEs) e ²-glicosidases Glicosídeo Hidrolases (GHs). GEs/FAEs e GHs estão envol…
Neste projeto, aplicaremos técnicas de otimização de topologia estrutural baseadas em métodos de elementos finitos (FEM) e descrições atomísticas ou de partículas (Molecular Dynamics - MD ou Discrete Element Method - DEM) dos diferentes constituintes poliméricos para estudar propriedades térmicas e mecânicas de fibras lignocelulósicas. O principal desafio é propor novas estratégias evolut…
Técnicas de metagenômica e de modelagem de proteínas por dinâmica molecular serão combinadas para identificar e estudar novas enzimas candidatas para a degradação de biomassa lignocelulósica com vistas à produção de etanol de segunda geração.
Os plásticos são materiais essenciais para a sociedade moderna devido às suas propriedades específicas, mas os níveis crescentes de poluição provenientes dos resíduos de plástico representam uma crise ambiental global. Recentemente, uma cepa de bactéria Ideonella sakaiensis 201-F6 foi isolada e demonstrou uma capacidade incomum de degradar o poli(tereftalato de etileno) (PET). A PETase da…
Fratura óssea induzida por osteoporose tem se tornado um grande problema de saúde. O aumento da expectativa de vida resulta em uma maior fração da população afetada por osteoporose, uma doença crônica que aumenta o risco de fratura óssea deteriorando a estrutura do tecido desde a escala molecular até a escala macro. Se as tecnologias atuais de diagnóstico médico não melhorarem, fraturas ó…
A lignina é um biopolímero heterogêneo presente nas paredes celulares das plantas e desempenha um papel estrutural importante. Dada a sua abundância (o segundo biopolímero mais abundante na Terra), a lignina é a principal fonte de carbono aromático do planeta, o que destaca a oportunidade de aproveitar esta fonte renovável de produtos químicos valiosos. Os monômeros de lignina podem ser f…
Durante a evolução, somente uma pequena fração do espaço das sequências de proteínas foi amostrado. A área de design de proteínas de novo tem como objetivo explorar o espaço de sequências não visto durante a evolução para customizar proteínas com diversas aplicações em biologia e ciências de materiais. Por muitos anos, a área dependeu de testar experimentalmente uma proteína por vez com u…