Mecanismo de "folding" de macromoleculas: estudo sobre o papel das especificidades topologicas e quimicas das interacoes intramoleculares em cadeias polimericas lineares.

Resumo

Neste projeto propomos estudar o processo de folding de proteínas através da simulação Monte Cario envolvendo múltiplas escalas espaciais/temporais. Serão consideradas cadeias peptídicas pequenas, tanto por sua crescente importância atual quanto por conveniência computacional. Os principais ingredientes considerados no processo são classificados em dois grupos principais: (i)- força entrópica (efeito hidrofóbico) e especificidades estéricas (complementaridade dos resíduos) e (ii)- especificidades químicas (pontes de hidrogênio, pontes salinas e links covalentes). Um programa computacional original deverá ser planejado e codificado para este propósito. Concomitantemente serão desenvolvidos algoritmos computacionais, envolvendo desde o conjunto de movimentos básicos (moves set) em diferentes escalas: monômeros (da estrutura primária) e grupamentos de monômeros (motifes: a-hélices, b - strands, turns, etc.). Este procedimento exigirá o envolvimento de diferentes escalas temporais e espaciais ao longo da simulação que deverão levar em conta o fato de as estruturas secundárias se formarem numa escala de tempo muito menor (10-6 segundos) do que as estruturas terciárias (10?2 - 10?3 segundos). (AU)