ConsensusGraph: identificação de redes gênicas consenso

Resumo

Metodologias de estudo derivados da Biologia de Sistemas proporcionam um olhar holístico sobre os processos biológicos, integrando os diversos componentes moleculares intracelulares através de redes altamente complexas. Analisando estas redes, é possível criar modelos matemáticos e computacionais que auxiliam a compreensão dos mecanismos moleculares acionados por diferentes estímulos ou perturbações. No entanto, até mesmo estudos muito similares entre si podem produzir redes distintas entre si. Desta maneira, torna-se necessária uma metodologia robusta para a integração destas informações, de modo a prover novos insights aos mecanismos biológicos subjacentes. Neste projeto, desenvolveremos uma ferramenta denominada ConsensusGraph, a qual determinará uma rede consenso entre estudos independentes utilizando perturbações similares. Nosso grupo já descreveu uma ferramenta que gera redes de co-expressão gênica, e efetua anotação funcional de módulos gênicos, e esta será utilizada para prover as redes a serem combinadas. A fim de validar a ferramenta, aplicaremos o ConsensusGraph a dados públicos de estudos de transcriptoma a fim de encontrar genes diferencialmente expressos nos módulos consenso encontrados. Todo o código está sendo escrito em R e será disponibilizado livremente à comunidade. (AU)