Padrão de expressão de genes candidatos a RGAs durante a infecção com vários patógenos

Resumo

Durante o curso da investigação do patosistema carvão-cana-de-açúcar usando uma abordagem transcriptômica, os análogos de genes de resistência foram identificados como diferencialmente expressos (Schaker et al., 2016). Uma análise detalhada revelou que alguns desses genes são candidatos fortes para serem associados ao estabelecimento da doença na cana-de-açúcar. Este trabalho anterior forneceu um conjunto de sequências PacBio de transcritos completos de cana-de-açúcar e um segundo conjunto de transcritos de comprimento curto obtidos pelo sequenciamento de Illumina. O presente projeto é desenvolver um banco de dados contendo uma combinação desses dados de sequenciamento combinando Illumina e PacBio sequenciados para definir melhor um conjunto de transcritos de cana-de-açúcar usando a variedade 'RB925345' como modelo. Os dados serão então usados para pesquisar potenciais cópias e/ou alelos de RGAs. Os resultados serão validados usando técnicas de qPCR para identificar o número de cópias de genes e também fornecer um perfil de expressão de cada RGAs quando a planta é desafiada com diferentes agentes patogênicos (Sporisorium scitaminuem, Leifsonia xyli, Xanthomonas albilineans) e endófitos (Gluconacetobacer). Perguntas que serão respondidas: 1) Existe uma combinação específica de expressão de RGAs para cada detecção de patógenos?; 2) Existe um caminho comum em relação à expressão RGA?; 3) Existem diferenças entre a expressão de RGAs em variedades de cana-de-açúcar conhecidas como suscetíveis ou resistentes à queda ou apresentando resistência intermediária? (AU)