Avaliação dos efeitos de parâmetros de simulação em docking molecular

Resumo

Docking molecular é uma técnica de simulação molecular que visa a predição da conformação e afinidade da ligação entre uma macromolécula (o receptor) e uma pequena molécula (o ligante), encontrando aplicações nas indústrias farmacêutica e alimentícia, entre outras. Em comparação com outras técnicas de simulação molecular, como a dinâmica molecular, é consideravelmente mais rápida, ao se utilizar de diversas simplificações. Entretanto, apresenta menor exatidão, já que apresenta menor fidelidade aos princípios físicos. Assim, devem ser tomados alguns cuidados para a escolha das simplificações adotadas (como a rigidez do receptor e ligante) e as moléculas em questão devem ser tratadas adequadamente (com a adição de cargas de maneira correta, protonação dos sítios ativos do receptor, adição ou deleção de átomos de hidrogênio, entre outros fatores). Além disso, o algoritmo utilizado pode vir a ter importância, então o software deve ser escolhido de maneira adequada. O projeto visa adotar pares receptor-ligante de um conjunto pré-definido, com conformações conhecidas, e fazer para cada par diversas simulações de docking, modificando os parâmetros e simplificações de cada simulação e verificando as diferenças encontradas nos resultados.(AU)