Busca avançada
Ano de início
Entree
(Referência obtida automaticamente do Web of Science, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores.)

A Computational Protein Structure Refinement of the Yeast Acetohydroxyacid Synthase

Texto completo
Autor(es):
Ierich, Jessica C. M. [1] ; Oliveira, Guedmiller S. [1] ; Vig, Ana C. A. [1] ; Amarante, Adriano M. [1] ; Franca, Eduardo F. [2] ; Leite, Fabio L. [1] ; Mascarenhas, Yvonne P. [3]
Número total de Autores: 7
Afiliação do(s) autor(es):
[1] Univ Fed Sao Carlos, Dept Fis Quim & Matemat, Grp Pesquisa Nanoneurobiofis, BR-18052780 Sorocaba, SP - Brazil
[2] Univ Fed Uberlandia, Inst Quim, BR-38400902 Uberlandia, MG - Brazil
[3] Univ Sao Paulo, Inst Fis Sao Carlos, Dept Fis & Informat, BR-13566590 Sao Carlos, SP - Brazil
Número total de Afiliações: 3
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: Journal of the Brazilian Chemical Society; v. 26, n. 8, p. 1702-1709, AUG 2015.
Citações Web of Science: 3
Resumo

A combined molecular modeling and molecular dynamics simulation was carried out to obtain an improved description of the yeast acetohydroxyacid synthase (AHAS) in aqueous solution. After a thorough homology modeling, the AHAS catalytic dimer was subjected to a molecular dynamics (MD) simulation to analyze its behavior and optimize its geometry. The AHAS 3D molecular structure was analyzed according to the number of salt bridges and hydrogen bonds formed. During 20 ns of MD simulation, an average fluctuation of 3.9 angstrom was obtained. The cofactor thiamine diphosphate makes a relevant contribution to the system stability; this hypothesis was confirmed by the decrease in the average fluctuation of 0.3 angstrom. Moreover, the Ramachandran plot revealed no denaturation framework during the time of the simulation. (AU)

Processo FAPESP: 07/05089-9 - Desenvolvimento de nanobiossensores usando a espectroscopia de força atômica: aplicação na detecção de pesticidas
Beneficiário:Fabio de Lima Leite
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Apoio a Jovens Pesquisadores
Processo FAPESP: 14/12466-7 - Estudo do recobrimento biológico de nanossuperfícies por modelagem computacional: aplicação no desenvolvimento de imunonanossensores
Beneficiário:Adriano Moraes Amarante
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado
Processo FAPESP: 14/12082-4 - Modelagem molecular das interações do complexo antígeno-anticorpo na investigação de doenças desmielinizantes autoimunes
Beneficiário:Jéssica Cristiane Magalhães Ierich
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado
Processo FAPESP: 13/09746-5 - Desenvolvimento de nanobiossensores utilizando técnicas computacionais avançadas
Beneficiário:Gued Souza
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Processo FAPESP: 14/26369-3 - Potencial eletrostático de biomoléculas imobilizadas em nanosuperfícies
Beneficiário:Gued Souza
Linha de fomento: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
Processo FAPESP: 13/21958-8 - Avaliação molecular da Imunoglobulina G (IgG) usando modelagem por homologia para aplicação em nanobiossensores
Beneficiário:Ana Carolina Araujo Vig
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Processo FAPESP: 10/00463-2 - Estudo de materiais biológicos usando a microscopia de força atômica
Beneficiário:Gabrielle de Almeida Ribeiro
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Processo FAPESP: 10/04599-6 - Estudo de "superfícies inteligentes" para desenvolvimento de nanobiossensores
Beneficiário:Aline Cristine Nanuh da Silva
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Mestrado
Processo FAPESP: 08/57859-5 - Controle biorracional de insetos pragas
Beneficiário:Maria Fátima das Graças Fernandes da Silva
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Temático