A Computational Protein Structure Refinement of the Yeast Acetohydroxyacid Synthase

Autor(es)

Ierich, Jessica C. M. ^[1] ; Oliveira, Guedmiller S. ^[1] ; Vig, Ana C. A. ^[1] ; Amarante, Adriano M. ^[1] ; Franca, Eduardo F. ^[2] ; Leite, Fabio L. ^[1] ; Mascarenhas, Yvonne P. ^[3]

Afiliação do(s) autor(es)

^[1] Univ Fed Sao Carlos, Dept Fis Quim & Matemat, Grp Pesquisa Nanoneurobiofis, BR-18052780 Sorocaba, SP - Brazil

^[2] Univ Fed Uberlandia, Inst Quim, BR-38400902 Uberlandia, MG - Brazil

^[3] Univ Sao Paulo, Inst Fis Sao Carlos, Dept Fis & Informat, BR-13566590 Sao Carlos, SP - Brazil

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: Journal of the Brazilian Chemical Society; v. 26, n. 8, p. 1702-1709, AUG 2015.
• Citações Web of Science: 2

Resumo

<p>A combined molecular modeling and molecular dynamics simulation was carried out to obtain an improved description of the yeast acetohydroxyacid synthase (AHAS) in aqueous solution. After a thorough homology modeling, the AHAS catalytic dimer was subjected to a molecular dynamics (MD) simulation to analyze its behavior and optimize its geometry. The AHAS 3D molecular structure was analyzed according to the number of salt bridges and hydrogen bonds formed. During 20 ns of MD simulation, an average fluctuation of 3.9 Å was obtained. The cofactor thiamine diphosphate makes a relevant contribution to the system stability; this hypothesis was confirmed by the decrease in the average fluctuation of 0.3 Å. Moreover, the Ramachandran plot revealed no denaturation framework during the time of the simulation.</p> (AU)

• Processo FAPESP: 13/09746-5 - Desenvolvimento de nanobiossensores utilizando técnicas computacionais avançadas
• Beneficiário: Guedmiller Souza de Oliveira
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 14/12082-4 - Modelagem molecular das interações do complexo antígeno-anticorpo na investigação de doenças desmielinizantes autoimunes
• Beneficiário: Jéssica Cristiane Magalhães Ierich
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Processo FAPESP: 10/04599-6 - Estudo de "Superfícies Inteligentes" para Desenvolvimento de Nanobiossensores
• Beneficiário: Aline Cristine Nanuh da Silva
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Processo FAPESP: 07/05089-9 - Desenvolvimento de nanobiossensores usando a espectroscopia de força atômica: aplicação na detecção de pesticidas
• Beneficiário: Fabio de Lima Leite
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Jovens Pesquisadores
• Processo FAPESP: 13/21958-8 - Avaliação molecular da imunoglobulina G (IgG) usando modelagem por homologia para aplicação em nanobiossensores
• Beneficiário: Ana Carolina Araujo Vig
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
• Processo FAPESP: 14/26369-3 - Potencial eletrostático de biomoléculas imobilizadas em nanosuperfícies
• Beneficiário: Guedmiller Souza de Oliveira
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 14/12466-7 - Estudo do recobrimento biológico de nanossuperfícies por modelagem computacional: aplicação no desenvolvimento de imunonanossensores
• Beneficiário: Adriano Moraes Amarante
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Processo FAPESP: 08/57859-5 - Controle biorracional de insetos pragas
• Beneficiário: Maria Fátima das Graças Fernandes da Silva
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Temático
• Processo FAPESP: 10/00463-2 - Estudo de Materiais Biológicos usando a Microscopia de Força Atômica
• Beneficiário: Gabrielle de Almeida Ribeiro
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica