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(Referência obtida automaticamente do Web of Science, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores.)

Sorting Circular Permutations by Super Short Reversals

Texto completo
Autor(es):
Galvao, Gustavo Rodrigues ; Baudet, Christian ; Dias, Zanoni
Número total de Autores: 3
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS; v. 14, n. 3, p. 620-633, MAY-JUN 2017.
Citações Web of Science: 2
Resumo

We consider the problem of sorting a circular permutation by super short reversals (i.e., reversals of length at most 2), a problem that finds application in comparative genomics. Polynomial-time solutions to the unsigned version of this problem are known, but the signed version remained open. In this paper, we present the first polynomial-time solution to the signed version of this problem. Moreover, we perform experiments for inferring phylogenies of two different groups of bacterial species and compare our results with the phylogenies presented in previous works. Finally, to facilitate phylogenetic studies based on the methods studied in this paper, we present a web tool for rearrangement-based phylogenetic inference using short operations, such as super short reversals. (AU)

Processo FAPESP: 14/04718-6 - Algoritmos para o problema da ordenação por rearranjo
Beneficiário:Gustavo Rodrigues Galvão
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado
Processo FAPESP: 13/08293-7 - CECC - Centro de Engenharia e Ciências Computacionais
Beneficiário:Munir Salomao Skaf
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Centros de Pesquisa, Inovação e Difusão - CEPIDs