Recent chapters of Neotropical history overlooked in phylogeography: Shallow divergence explains phenotype and genotype uncoupling in Antilophia manakins

Autor(es)

do Amaral, Fabio Raposo ^[1] ; Maldonado-Coelho, Marcos ^[1] ; Aleixo, Alexandre ^[2] ; Luna, Leilton W. ^[3] ; do Rego, Pericles Sena ^[3] ; Araripe, Juliana ^[3] ; Souza, Thainara O. ^[3] ; Silva, Weber A. G. ^[4] ; Thom, Gregory ^[5]

Afiliação do(s) autor(es)

^[1] Univ Fed Sao Paulo, Dept Ecol & Biol Evolut, Diadema, SP - Brazil

^[2] Museu Paraense Emilio Goeldi, Coordenacao Zool, Belem, PA - Brazil

^[3] Univ Fed Para, Inst Estudos Costeiros, Lab Genet & Conservacao, Braganca, PA - Brazil

^[4] Assoc Pesquisa & Preservacao Ecossistemas Aquat, Fortaleza, Ceara - Brazil

^[5] Univ Sao Paulo, Dept Genet & Biol Evolut, Sao Paulo, SP - Brazil

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: Molecular Ecology; v. 27, n. 20, p. 4108-4120, OCT 2018.
• Citações Web of Science: 4

Resumo

Establishing links between phenotypic and genotypic variation is a central goal of evolutionary biology, as they might provide important insights into evolutionary processes shaping genetic and species diversity in nature. One of the more intriguing possibilities is when no genetic divergence is found to be associated with conspicuous phenotypic divergence. In that case, speciation theory predicts that phenotypic divergence may still occur in the presence of significant gene flowthereby resulting in little genomic divergencewhen genetic loci underpinning phenotypes are under strong divergent selection. However, a finding of phenotypic distinctiveness with weak or no population genetic structure may simply result from low statistical power to detect shallow genetic divergences when small data sets are used. Here, we used a subgenomic data set of 2,386 ultraconserved elements to explore genomewide divergence between two species of Antilophia manakins, which are phenotypically distinct yet evidently lack strong genetic differentiation according to previous studies based on a limited number of loci. Our results revealed clear population structure that matches the two phenotypes, supporting the idea that smaller data sets lacked the power to detect this recent divergence event (likely <100kya). Indeed, we found little or no introgression between the species, as well as evidence of genomewide divergence. One implication of our study is that the Araripe plateau may be a hot spot of cryptic-diverging forest Cerrado populations. Besides their use in biogeography, subgenomic data sets may help redefine local conservation programmes by revealing cryptic population structure that may be key to population management. (AU)

• Processo FAPESP: 13/50297-0 - Dimensions US-BIOTA São Paulo: integrando disciplinas para a predição da biodiversidade da Floresta Atlântica no Brasil
• Beneficiário: Cristina Yumi Miyaki
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa BIOTA - Temático
• Processo FAPESP: 17/25720-7 - Filogenômica comparada de espécies de aves montanas do sul da Floresta Atlântica: Integrando aspectos evolutivos e ecológicos no estudo da formação de comunidades
• Beneficiário: Gregory Thom e Silva
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 14/00113-2 - Filogeografia comparada de quatro complexos de espécies de aves amazônicas: reconstruindo processos biogeográficos a partir do sequenciamento de elementos ultra conservados
• Beneficiário: Gregory Thom e Silva
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Processo FAPESP: 15/18287-0 - Comparando taxas evolutivas entre cantos e chamados nos olhos-de-fogo sul americanos (Aves: Pyriglena): um teste de hipóteses em uma perspectiva filogenética
• Beneficiário: Marcos Maldonado Coelho
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Jovens Pesquisadores
• Processo FAPESP: 15/12551-7 - Filogeografia comparada de três complexos de espécies de aves restritas a ambientes de várzea: abordando novos padrões biogeográficos para a Amazônia
• Beneficiário: Gregory Thom e Silva
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Processo FAPESP: 16/11439-1 - Comparando taxas evolutivas entre cantos e chamados nos Olhos-de-Fogo Sul Americanos (Aves: Pyriglena): um teste de hipóteses em uma perspectiva filogenética
• Beneficiário: Marcos Maldonado Coelho
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Jovens Pesquisadores
• Processo FAPESP: 11/23155-4 - Filogeografia multilocus comparada de três espécies de Poospiza (Aves, Passeriformes): explorando a história da Mata Atlântica montana
• Beneficiário: Fábio Sarubbi Raposo do Amaral
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa BIOTA - Jovens Pesquisadores
• Processo FAPESP: 11/50143-7 - Filogeografia multilocus comparada de três espécies de Poospiza (Aves, Passeriformes): explorando a história da Mata Atlântica montana
• Beneficiário: Fábio Sarubbi Raposo do Amaral
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa BIOTA - Jovens Pesquisadores