| Texto completo | |
| Autor(es): |
Cardozo, Lucas E.
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Russo, Pedro S. T.
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Gomes-Correia, Bruno
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Araujo-Pereira, Mariana
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Sepulveda-Hermosilla, Gonzalo
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Maracaja-Coutinho, Vinicius
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Nakaya, I, Helder
Número total de Autores: 7
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| Afiliação do(s) autor(es): | [1] I, Univ Sao Paulo, Sch Pharmaceut Sci, Dept Clin & Toxicol Anal, Sao Paulo - Brazil
[2] Univ Chile, Fac Ciencias Quim & Farmaceut, Adv Ctr Chron Dis ACCDiS, Santiago - Chile
[3] Univ Mayor, Fac Ciencias, Ctr Genom & Bioinformat, Santiago - Chile
Número total de Afiliações: 3
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| Tipo de documento: | Artigo Científico |
| Fonte: | FRONTIERS IN GENETICS; v. 10, MAR 6 2019. |
| Citações Web of Science: | 1 |
| Resumo | |
Co-expression analysis has been widely used to elucidate the functional architecture of genes under different biological processes. Such analysis, however, requires substantial knowledge about programming languages and/or bioinformatics skills. We present webCEMiTool,(1) a unique online tool that performs comprehensive modular analyses in a fully automated manner. The webCEMiTool not only identifies co-expression gene modules but also performs several functional analyses on them. In addition, webCEMiTool integrates transcriptomic data with interactome information (i.e., protein-protein interactions) and identifies potential hubs on each network. The tool generates user-friendly html reports that allow users to search for specific genes in each module, as well as check if a module contains genes overrepresented in specific pathways or altered in a specific sample phenotype. We used webCEMiTool to perform a modular analysis of single-cell RNA-seq data of human cells infected with either Zika virus or dengue virus. (AU) | |
| Processo FAPESP: | 13/08216-2 - CRID - Centro de Pesquisa em Doenças Inflamatórias. |
| Beneficiário: | Fernando de Queiroz Cunha |
| Modalidade de apoio: | Auxílio à Pesquisa - Centros de Pesquisa, Inovação e Difusão - CEPIDs |
| Processo FAPESP: | 17/05762-7 - ConsensusGraph: Identificação de redes gênicas consenso |
| Beneficiário: | Pedro de Sá Tavares Russo |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Brasil - Doutorado Direto |
| Processo FAPESP: | 18/10748-6 - Análise de RNAs longos não codificadores em transcritoma de mamíferos infectados por zika vírus |
| Beneficiário: | Mariana Araújo Pereira |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Brasil - Mestrado |
| Processo FAPESP: | 12/19278-6 - Biologia de Sistemas de Longos RNAs não-codificadores |
| Beneficiário: | Helder Takashi Imoto Nakaya |
| Modalidade de apoio: | Auxílio à Pesquisa - Jovens Pesquisadores |