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(Referência obtida automaticamente do Web of Science, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores.)

webCEMiTool: Co-expression Modular Analysis Made Easy

Texto completo
Autor(es):
Cardozo, Lucas E. [1] ; Russo, Pedro S. T. [1] ; Gomes-Correia, Bruno [2] ; Araujo-Pereira, Mariana [1] ; Sepulveda-Hermosilla, Gonzalo [3] ; Maracaja-Coutinho, Vinicius [2] ; Nakaya, I, Helder
Número total de Autores: 7
Afiliação do(s) autor(es):
[1] I, Univ Sao Paulo, Sch Pharmaceut Sci, Dept Clin & Toxicol Anal, Sao Paulo - Brazil
[2] Univ Chile, Fac Ciencias Quim & Farmaceut, Adv Ctr Chron Dis ACCDiS, Santiago - Chile
[3] Univ Mayor, Fac Ciencias, Ctr Genom & Bioinformat, Santiago - Chile
Número total de Afiliações: 3
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: FRONTIERS IN GENETICS; v. 10, MAR 6 2019.
Citações Web of Science: 1
Resumo

Co-expression analysis has been widely used to elucidate the functional architecture of genes under different biological processes. Such analysis, however, requires substantial knowledge about programming languages and/or bioinformatics skills. We present webCEMiTool,(1) a unique online tool that performs comprehensive modular analyses in a fully automated manner. The webCEMiTool not only identifies co-expression gene modules but also performs several functional analyses on them. In addition, webCEMiTool integrates transcriptomic data with interactome information (i.e., protein-protein interactions) and identifies potential hubs on each network. The tool generates user-friendly html reports that allow users to search for specific genes in each module, as well as check if a module contains genes overrepresented in specific pathways or altered in a specific sample phenotype. We used webCEMiTool to perform a modular analysis of single-cell RNA-seq data of human cells infected with either Zika virus or dengue virus. (AU)

Processo FAPESP: 13/08216-2 - CPDI - Centro de Pesquisa em Doenças Inflamatórias
Beneficiário:Fernando de Queiroz Cunha
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Centros de Pesquisa, Inovação e Difusão - CEPIDs
Processo FAPESP: 12/19278-6 - Biologia de sistemas de longos RNAs não-codificadores
Beneficiário:Helder Takashi Imoto Nakaya
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Apoio a Jovens Pesquisadores
Processo FAPESP: 18/10748-6 - Análise de RNAs longos não codificadores em transcritoma de mamíferos infectados por zika vírus
Beneficiário:Mariana Araújo Pereira
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Mestrado
Processo FAPESP: 17/05762-7 - ConsensusGraph: identificação de redes gênicas consenso
Beneficiário:Pedro de Sá Tavares Russo
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto