webCEMiTool: Co-expression Modular Analysis Made Easy

Autor(es)

Cardozo, Lucas E. ^[1] ; Russo, Pedro S. T. ^[1] ; Gomes-Correia, Bruno ^[2] ; Araujo-Pereira, Mariana ^[1] ; Sepulveda-Hermosilla, Gonzalo ^[3] ; Maracaja-Coutinho, Vinicius ^[2] ; Nakaya, I, Helder

Afiliação do(s) autor(es)

^[1] I, Univ Sao Paulo, Sch Pharmaceut Sci, Dept Clin & Toxicol Anal, Sao Paulo - Brazil

^[2] Univ Chile, Fac Ciencias Quim & Farmaceut, Adv Ctr Chron Dis ACCDiS, Santiago - Chile

^[3] Univ Mayor, Fac Ciencias, Ctr Genom & Bioinformat, Santiago - Chile

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: FRONTIERS IN GENETICS; v. 10, MAR 6 2019.
• Citações Web of Science: 1

Resumo

Co-expression analysis has been widely used to elucidate the functional architecture of genes under different biological processes. Such analysis, however, requires substantial knowledge about programming languages and/or bioinformatics skills. We present webCEMiTool,(1) a unique online tool that performs comprehensive modular analyses in a fully automated manner. The webCEMiTool not only identifies co-expression gene modules but also performs several functional analyses on them. In addition, webCEMiTool integrates transcriptomic data with interactome information (i.e., protein-protein interactions) and identifies potential hubs on each network. The tool generates user-friendly html reports that allow users to search for specific genes in each module, as well as check if a module contains genes overrepresented in specific pathways or altered in a specific sample phenotype. We used webCEMiTool to perform a modular analysis of single-cell RNA-seq data of human cells infected with either Zika virus or dengue virus. (AU)

• Processo FAPESP: 13/08216-2 - CPDI - Centro de Pesquisa em Doenças Inflamatórias
• Beneficiário: Fernando de Queiroz Cunha
• Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Centros de Pesquisa, Inovação e Difusão - CEPIDs
• Processo FAPESP: 17/05762-7 - ConsensusGraph: identificação de redes gênicas consenso
• Beneficiário: Pedro de Sá Tavares Russo
• Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Processo FAPESP: 18/10748-6 - Análise de RNAs longos não codificadores em transcritoma de mamíferos infectados por zika vírus
• Beneficiário: Mariana Araújo Pereira
• Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Processo FAPESP: 12/19278-6 - Biologia de sistemas de longos RNAs não-codificadores
• Beneficiário: Helder Takashi Imoto Nakaya
• Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Apoio a Jovens Pesquisadores