Identification of Hfq-binding RNAs in Caulobacter crescentus

Autor(es)

Assis, Nadine G. ^[1] ; Ribeiro, Rodolfo A. ^[1] ; da Silva, Larissa G. ^[1] ; Vicente, Alexandre M. ^[1] ; Hug, Isabelle ^[2] ; Marques, Marilis V. ^[1]

Afiliação do(s) autor(es)

^[1] Univ Sao Paulo, Inst Ciencias Biomed, Dept Microbiol, Sao Paulo - Brazil

^[2] Univ Basel, Biozentrum, Basel - Switzerland

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: RNA BIOLOGY; v. 16, n. 6 MAR 2019.
• Citações Web of Science: 0

Resumo

Small RNAs are important for post-transcriptional regulation of gene expression, affecting stability and activity of their target mRNAs. The bacterial Sm-like protein Hfq is required to promote pairing between both RNAs when their sequence complementarity is limited. To provide a first global view on the post-transcriptional landscape of the alpha-proteobacterium Caulobacter crescentus, we have identified the Hfq-binding RNAs employing High-throughput sequencing of RNA isolated by cross-linking immunoprecipitation (HITS-CLIP). A total of 261 RNAs, including 3 unannotated RNAs, were successfully identified and classified according to putative function. Moreover, possible interactions between the identified sRNAs with mRNA targets were postulated through computational target predictions. (AU)

• Processo FAPESP: 16/06378-3 - Caracterização da DEAD box-RNA helicase CC1478 em Caulobacter crescentus e sua regulação
• Beneficiário: Rodolfo Alvarenga Ribeiro
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Processo FAPESP: 14/13552-4 - Estudo da RNA helicase da família DEAD-box codificada pelo gene CC0835 em Caulobacter crescentus
• Beneficiário: Alexandre Magno Vicente
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Processo FAPESP: 14/04046-8 - Sistemas regulatórios da resposta bacteriana a estresses
• Beneficiário: Marilis Do Valle Marques
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Temático
• Processo FAPESP: 15/21025-7 - Expressão heteróloga da proteína Hfq e obtenção da linhagem FLAG-Hfq com expressão induzida
• Beneficiário: Nadine Gimenez de Assis
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Iniciação Científica