Busca avançada
Ano de início
Entree
(Referência obtida automaticamente do Web of Science, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores.)

Uncovering the mouse olfactory long non-coding transcriptome with a novel machine-learning model

Texto completo
Autor(es):
Camargo, Antonio P. [1, 2] ; Nakahara, Thiago S. [3, 1] ; Firmino, Luiz E. R. [3] ; Netto, Paulo H. M. [1, 2] ; do Nascimento, Joao B. P. [3] ; Donnard, Elisa R. [4] ; Galante, Pedro A. F. [4] ; Carazzolle, Marcelo F. [1] ; Malnic, Bettina [3] ; Papes, Fabio [1]
Número total de Autores: 10
Afiliação do(s) autor(es):
[1] Univ Estadual Campinas, Inst Biol, Dept Genet & Evolut, BR-13083862 Campinas, SP - Brazil
[2] Univ Estadual Campinas, Inst Biol, Grad Program Genet & Mol Biol, BR-13083862 Campinas, SP - Brazil
[3] Univ Sao Paulo, Inst Chem, Dept Biochem, BR-05508000 Sao Paulo, SP - Brazil
[4] Hosp Sirio Libanes, Mol Oncol Ctr, BR-01308060 Sao Paulo, SP - Brazil
Número total de Afiliações: 4
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: DNA Research; v. 26, n. 4, p. 365-378, AUG 2019.
Citações Web of Science: 0
Resumo

Very little is known about long non-coding RNAs (lncRNAs) in the mammalian olfactory sensory epithelia. Deciphering the non-coding transcriptome in olfaction is relevant because these RNAs have been shown to play a role in chromatin modification and nuclear architecture reorganization, processes that accompany olfactory differentiation and olfactory receptor gene choice, one of the most poorly understood gene regulatory processes in mammals. In this study, we used a combination of in silico and ex vivo approaches to uncover a comprehensive catalogue of olfactory lncRNAs and to investigate their expression in the mouse olfactory organs. Initially, we used a novel machine-learning lncRNA classifier to discover hundreds of annotated and unannotated lncRNAs, some of which were predicted to be preferentially expressed in the main olfactory epithelium and the vomeronasal organ, the most important olfactory structures in the mouse. Moreover, we used whole-tissue and single-cell RNA sequencing data to discover lncRNAs expressed in mature sensory neurons of the main epithelium. Candidate lncRNAs were further validated by in situ hybridization and RT-PCR, leading to the identification of lncRNAs found throughout the olfactory epithelia, as well as others exquisitely expressed in subsets of mature olfactory neurons or progenitor cells. (AU)

Processo FAPESP: 11/22611-6 - Identificação de RNAs não codificadores expressos no epitélio olfatório
Beneficiário:João Batista Placido do Nascimento
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
Processo FAPESP: 16/24471-0 - Receptores olfatórios: mecanismos de expressão gênica e transdução de sinal
Beneficiário:Bettina Malnic
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Temático
Processo FAPESP: 18/11860-4 - Mecanismos epigenéticos de regulação da expressão gênica: o caso dos receptores olfatórios
Beneficiário:Thiago Seike Picoreti Nakahara
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Processo FAPESP: 16/05379-6 - Análise do transcritoma associado a lincRNAs no sistema olfativo acessório
Beneficiário:Antônio Pedro de Castello Branco da Rocha Camargo
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Mestrado
Processo FAPESP: 13/08293-7 - CECC - Centro de Engenharia e Ciências Computacionais
Beneficiário:Munir Salomao Skaf
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Centros de Pesquisa, Inovação e Difusão - CEPIDs
Processo FAPESP: 15/50371-0 - Mecanismos subjacentes ao efeito da experiência social sobre os níveis hormonais, sinalização sensorial e comportamento
Beneficiário:Fabio Papes
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Regular