Mass Spectrometry-Guided Genome Mining as a Tool to Uncover Novel Natural Products

Autor(es)

Sigrist, Renata ; Paulo, Bruno S. ; Angolini, Celio F. F. ; De Oliveira, Luciana G.

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: JOVE-JOURNAL OF VISUALIZED EXPERIMENTS; v. N/A, n. 157, p. 12-pg., 2020-03-01.

Resumo

The chemical space covered by natural products is immense and widely unrecognized. Therefore, convenient methodologies to perform wide-ranging evaluation of their functions in nature and potential human benefits (e.g., for drug discovery applications) are desired. This protocol describes the combination of genome mining (GM) and molecular networking (MN), two contemporary approaches that match gene cluster-encoded annotations in whole genome sequencing with chemical structure signatures from crude metabolic extracts. This is the first step towards the discovery of new natural entities. These concepts, when applied together, are defined here as MS-guided genome mining. In this method, the main components are previously designated (using MN), and structurally related new candidates are associated with genome sequence annotations (using GM). Combining GM and MN is a profitable strategy to target new molecule backbones or harvest metabolic profiles in order to identify analogues from already known compounds. (AU)

• Processo FAPESP: 19/10564-5 - Avaliação dos aspectos benéficos de actinobactérias endofíticas: expandindo o conhecimento sobre os produtos naturais codificados pelo genoma de microrganismos da biodiversidade brasileira
• Beneficiário: Luciana Gonzaga de Oliveira
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Processo FAPESP: 15/01013-4 - Identificação e caracterização de uma t1PKS-transAT PKS-NRPS em Streptomyces sp. via genome mining
• Beneficiário: Renata Sigrist
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Processo FAPESP: 14/50249-8 - Green chemistry: sustainable synthetic methods employing benign solvents, safer reagents, and bio-renewable feedstock
• Beneficiário: Arlene Gonçalves Corrêa
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa Centros de Pesquisa em Engenharia
• Processo FAPESP: 19/08853-9 - Ecologia química no estudo de interações planta-microrganismos em busca de uma agricultura sustentável
• Beneficiário: Célio Fernando Figueiredo Angolini
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Processo FAPESP: 13/12598-8 - Identificação de uma t1PKS-transAT PKS-NRPS em Streptomyces sp. via genome mining
• Beneficiário: Renata Sigrist
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Processo FAPESP: 14/12727-5 - Genome mining em Streptomyces
• Beneficiário: Luciana Gonzaga de Oliveira
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular