Sample Size Impact (SaSii): An R script for estimating optimal sample sizes in population genetics and population genomics studies

Autor(es)

Scaketti, Matheus ; Sujii, Patricia Sanae ; Alves-Pereira, Alessandro ; Schwarcz, Kaiser Dias ; Francisconi, Ana Flavia ; Moro, Matheus Sartori ; Martins, Kauanne Karolline Moreno ; de Jesus, Thiago Araujo ; de Souza, Guilherme Brener Ferreira ; Zucchi, Maria Imaculada

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: PLoS One; v. 20, n. 2, p. 14-pg., 2025-02-13.

Resumo

Obtaining large sample sizes for genetic studies can be challenging, time-consuming, and expensive, and small sample sizes may generate biased or imprecise results. Many studies have suggested the minimum sample size necessary to obtain robust and reliable results, but it is not possible to define one ideal minimum sample size that fits all studies. Here, we present SaSii (Sample Size Impact), an R script to help researchers define the minimum sample size. Based on empirical and simulated data analysis using SaSii, we present patterns and suggest minimum sample sizes for experiment design. The patterns were obtained by analyzing previously published genotype datasets with SaSii and can be used as a starting point for the sample design of population genetics and genomic studies. Our results showed that it is possible to estimate an adequate sample size that accurately represents the real population without requiring the scientist to write any program code, extract and sequence samples, or use population genetics programs, thus simplifying the process. We also confirmed that the minimum sample sizes for SNP (single-nucleotide polymorphism) analysis are usually smaller than for SSR (simple sequence repeat) analysis and discussed other patterns observed from empirical plant and animal datasets. (AU)

• Processo FAPESP: 13/00003-0 - Diversidade genética, genômica e filogeografia de mandioca (Manihot esculenta Crantz): implicações para a dispersão e difusão do cultivo ao longo dos principais eixos fluviais da Bacia Amazônica no Brasil
• Beneficiário: Maria Imaculada Zucchi
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Processo FAPESP: 11/50296-8 - Biologia da conservação de espécies nativas da Mata Atlântica com potencial fitoterápico: uma abordagem genética sobre restaurações florestais
• Beneficiário: Maria Imaculada Zucchi
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa BIOTA - Regular
• Processo FAPESP: 12/06431-0 - Diversidade genética e taxa de cruzamento de Myroxylon peruiferum, uma espécie com potencial fitoterápico, visando o enriquecimento genético em área em processo de restauração florestal.
• Beneficiário: Ellida de Aguiar Silvestre
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Processo FAPESP: 13/05762-6 - Genômica da conservação em Casearia sylvestris no cerrado e na Mata Atlântica do Sudeste do Brasil
• Beneficiário: João Paulo Gomes Viana
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Processo FAPESP: 15/06349-0 - Genômica populacional de espécies arbóreas neotropicais: identificação de genes candidatos associados à seleção natural em diferentes fitofisionomias
• Beneficiário: Kaiser Dias Schwarcz
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 12/03246-8 - Diversidade, estrutura genética e sistema reprodutivo em Centrolobium tomentosum Guillem ex. Bentham (Fabaceae) visando subsidiar enriquecimento genético em áreas de restauração florestal
• Beneficiário: Patricia Sanae Sujii
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Processo FAPESP: 12/08307-5 - Estrutura genética e sistema de cruzamento de variedades locais e populações silvestres de urucum (Bixa orellana L.) na Amazônia Brasileira e no Brasil Central utilizando marcadores microssatélites
• Beneficiário: Elizabeth Ann Veasey
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Processo FAPESP: 14/01364-9 - Uma abordagem genética para simular a persistência de populações de espécies arbóreas reintroduzidas em plantios de restauração de florestas tropicais
• Beneficiário: Patricia Sanae Sujii
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Processo FAPESP: 13/08086-1 - Genômica de Populações, Genômica Funcional e Ecofisiologia no estudo evolutivo de espécies de mangue neotropicais frente às mudanças climáticas histórica e atual
• Beneficiário: Gustavo Maruyama Mori
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 18/00036-9 - Recursos genômicos de mandioca (Manihot esculenta) visando o estudo da evolução de variedades cultivadas e a busca de genes importantes para o melhoramento
• Beneficiário: Alessandro Alves Pereira
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 11/21295-3 - Diversidade, Estrutura Genética e Gênomica Populacional de Centrolobium tomentosum em áreas nativas e restauradas de Mata Atlântica.
• Beneficiário: Camila Menezes Trindade Macrini
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 13/11137-7 - Diversidade genética, genômica e filogeografia de mandioca (Manihot esculenta Crantz): implicações para a dispersão do cultivo ao longo dos principais eixos fluviais da bacia Amazônica brasileira
• Beneficiário: Alessandro Alves Pereira
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado