Decoding the Impact of Isolation Window Selection and QuantUMS Filtering in DIA-NN for DIA Quantification of Peptides and Proteins

Autor(es)

Moschem, Jorge da Cruz ; de Barros, Bianca Carla Silva Campitelli ; Serrano, Solange Maria de Toledo ; Chaves, Alison Felipe Alencar

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH; v. 24, n. 8, p. 14-pg., 2025-07-09.

Resumo

Proteomic studies using data-independent acquisition (DIA) have gained momentum in all fields of biology. Search engines are evolving to keep up with the latest developments in instrument technology. DIA-NN is the most popular software for DIA analysis under an academic use license. The QuantUMS algorithm in DIA-NN improves quantification quality control by calculating three scores (protein group MaxLFQ quality, empirical quality, and quantity quality) that assess the agreement between MS1 and MS2 features. Here, we show that applying specific cutoffs to these scores can significantly impact the results. To enable you to make a more informed decision about what represents a reasonable trade-off (identification and quantification), we evaluated the impact of different combinations of the scores on data acquired using different isolation windows and a mixture of two species with a known ratio. To test consistency and reproducibility across the six different versions of DIA-NN, we compared them and found high reproducibility except for version 1.9. We show that filtering by QuantUMS scores removes proteins with low abundances and high coefficients of variation. Finally, we developed the QC4DIANN Shiny application in the R language for interactive quality control automation. (AU)

• Processo FAPESP: 13/07467-1 - CeTICS - Centro de Toxinas, Imuno-Resposta e Sinalização Celular
• Beneficiário: Hugo Aguirre Armelin
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Centros de Pesquisa, Inovação e Difusão - CEPIDs
• Processo FAPESP: 21/10570-5 - Caracterização molecular dos efeitos in vivo do veneno da Bothrops jararaca: análises do tecido muscular e do plasma de camundongos, por abordagens de proteômica e imuno-histoquímica
• Beneficiário: Bianca Carla Silva Campitelli de Barros
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 20/12317-2 - Análise proteômica dos efeitos sistêmicos do veneno da Bothrops jararaca em modelo murino.
• Beneficiário: Alison Felipe Alencar Chaves
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 23/17619-5 - O veneno de Bothrops jararaca e a falência renal: bases moleculares da toxicidade sobre células mesangiais e tecido renal murino, do efeito sinérgico de produtos de degradação de proteínas plasmáticas, e o papel de catepsinas
• Beneficiário: Jorge da Cruz Moschem
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
• Processo FAPESP: 21/14329-0 - Abordagem multimômica para estudar os efeitos sistêmicos do veneno de Bothrops jararaca em modelo murino
• Beneficiário: Alison Felipe Alencar Chaves
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado