GALANT: a Cytoscape plugin for visualizing data as functional landscapes projected onto biological networks

Autor(es)

Camilo, Esther ^[1] ; Bovolenta, Luiz A. ^[1] ; Acencio, Marcio L. ^[1] ; Rybarczyk-Filho, Jose L. ^[1] ; Castro, Mauro A. A. ^[2] ; Moreira, Jose C. F. ^[2] ; Lemke, Ney ^[1]

Afiliação do(s) autor(es)

^[1] UNESP Univ Estadual Paulista, Inst Biosci, Dept Phys & Biophys, Sao Paulo - Brazil

^[2] Univ Fed Rio Grande do Sul, Inst Basic Sci & Hlth, Porto Alegre, RS - Brazil

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: Bioinformatics; v. 29, n. 19, p. 2505-2506, OCT 1 2013.
• Citações Web of Science: 3

Resumo

Network-level visualization of functional data is a key aspect of both analysis and understanding of biological systems. In a continuing effort to create clear and integrated visualizations that facilitate the gathering of novel biological insights despite the overwhelming complexity of data, we present here the GrAph LANdscape VisualizaTion (GALANT), a Cytoscape plugin that builds functional landscapes onto biological networks. By using GALANT, it is possible to project any type of numerical data onto a network to create a smoothed data map resembling the network layout. As a Cytoscape plugin, GALANT is further improved by the functionalities of Cytoscape, the popular bioinformatics package for biological network visualization and data integration. (AU)

• Processo FAPESP: 13/02018-4 - Aprendizado de máquina em biologia molecular de sistemas (AMBiS) aplicação em letalidade sintética, genes condicionalmente essenciais e transcrição gênica cooperativa
• Beneficiário: Ney Lemke
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Processo FAPESP: 12/00741-8 - Previsão de fenótipos em Escherichia coli através de redes biológicas e aprendizado de máquina
• Beneficiário: Esther Camilo dos Reis
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Processo FAPESP: 10/20684-3 - Utilização de aprendizado de máquina em redes biológicas para previsão e determinação de regras para emergência de fenótipos de interesse
• Beneficiário: Marcio Luis Acencio
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Processo FAPESP: 12/13450-1 - Análise exploratória em larga escala de miRNAs expressos em tilápia do Nilo utilizando ferramentas de bioinformática.
• Beneficiário: Luiz Augusto Bovolenta
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado