Gene Content Analysis of Sugarcane Public ESTs Reveals Thousands of Missing Coding-Genes and an Unexpected Pool of Grasses Conserved ncRNAs

Autor(es)

Vicentini, R. ^{[1, 2]} ; del Bem, L. E. V. ^{[1, 3]} ; van Sluys, M. A. ^[4] ; Nogueira, F. T. S. ^[5] ; Vincentz, M. ^[3]

Afiliação do(s) autor(es)

^[1] Univ Estadual Campinas, Ctr Mol Biol & Genet Engn, BR-13083875 Campinas, SP - Brazil

^[2] Univ Estadual Campinas, Syst Biol Lab, Ctr Mol Biol & Genet Engn, BR-13083875 Campinas, SP - Brazil

^[3] Univ Estadual Campinas, Plant Genet Lab, Ctr Mol Biol & Genet Engn, BR-13083875 Campinas, SP - Brazil

^[4] Univ Sao Paulo, Genomes & Transposable Elements Lab, Dept Bot, Inst Biosci, BR-05508090 Sao Paulo - Brazil

^[5] Univ Sao Paulo, Dept Genet, Inst Biosci, Sao Paulo - Brazil

• Tipo de documento: Artigo Científico
• Fonte: TROPICAL PLANT BIOLOGY; v. 5, n. 2, p. 199-205, JUN 2012.
• Citações Web of Science: 12

Resumo

Sugarcane is the most important crop for sugar industry and raw material for bioethanol. Here we present a quantitative analysis of the gene content from publicly available sugarcane ESTs. The current sugarcane EST collection sampled orthologs for similar to 58 % of the closely-related sorghum proteome, suggesting that more than 10,000 sugarcane coding-genes remain undiscovered. Moreover the existence of more than 2,000 ncRNAs conserved between sugarcane and sorghum was revealed, among which over 500 are also detected in rice, supporting the existence of hundreds of conserved ncRNAs in grasses. New efforts towards sugarcane transcriptome sequencing were needed to sample the missing coding-genes as well as to expand the catalog of ncRNAs. (AU)

• Processo FAPESP: 08/58031-0 - Equilíbrio energético da cana-de-açúcar: uma abordagem de sistemas para compreender a regulação do metabolismo da sacarose e a sinalização de açúcar
• Beneficiário: Renato Vicentini dos Santos
• Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Programa BIOEN - Apoio a Jovens Pesquisadores
• Processo FAPESP: 08/09105-1 - Caracterização fisiológica do grupo J de fatores de transcrição do tipo bZIP ao longo da evolução do reino Viridiplantae
• Beneficiário: Luiz Eduardo Vieira Del Bem
• Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Processo FAPESP: 08/52071-0 - Homeostase energética e sinalização por açúcar: diversificação dos mecanismos moleculares envolvidos no controle do balanço energético em angioespermas
• Beneficiário: Michel Georges Albert Vincentz
• Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Programa BIOEN - Temático