Identificação de genes de suscetibilidade herdada para o melanoma cutâneo por genotipagem em larga escala

Resumo

O melanoma cutâneo (MC) merece destaque entre as neoplasias devido ao seu alto potencial metastático e à refratariedade terapêutica medicamentosa convencional. O principal fator de risco para o surgimento do MC é a exposição aos raios ultravioleta da luz solar. Diferenças individuais geradas por polimorfismos gênicos, relacionados com os processos de carcinogênese, possuem papéis importantes na origem e manifestações clínicas da doença. O método de genotipagem em larga escala (GELE) permite avaliar milhares de polimorfismos de base única (SNPs) e variações no número de cópias (CNVs) do DNA em um único estudo. Frente ao exposto, o objetivo deste estudo é identificar os papéis de grande número de SNPs e CNVs em pacientes com MC e indivíduos saudáveis da nossa população. Para cumprir tais objetivos, serão avaliados 100 pacientes com MC e 100 controles atendidos em nosso serviço. A GELE será realizada por meio de microarranjos de DNA da plataforma da empresa Affymetrix® que possibilitará a análise simultânea de cerca de 1,8 milhões de marcadores genéticos, incluindo 906.000 SNPs e 946.000 CNVs (Genome-Wide Human SNP 6.0). Os genótipos serão estimados por meio de algoritmos específicos para análise de dados de SNP implementados no programa Genotyping Console (Birdseed) e no projeto Bioconductor (crlmm). A análise de número de cópias será conduzida de modo análogo, usando ferramentas como Canary (Genotyping Console) e CRLMM combinado com o CBS e HMM (Bioconductor). Testes de associação e comparações entre grupos serão realizados por meio dos testes de Fisher ou qui-quadrado e por regressão logística múltipla com os programas PLINK e snpStats (Bioconductor). Os riscos de ocorrência do MC serão obtidos por meio de razões das chances (ORs) com intervalo de confiança de 95%. Acreditamos que os resultados deste estudo poderão contribuir para o melhor entendimento da fisiopatologia do MC e para identificar indivíduos saudáveis com alto risco de ocorrência do tumor, que mereçam receber cuidados especiais para a prevenção e o diagnóstico precoce do mesmo. (AU)