Análise computacional de genes codificantes de glicosil hidrolases em dados metagenômicos de compostagem

Resumo

Há um crescente interesse de setores da indústria em substituir catalisadores químicos por enzimas em diversos processos que ocorrem em condições de altas temperatura, pressão, salinidade ou de concentração de metais. Um dos setores mais críticos é a aplicação industrial dos processos de geração de biocombustíveis a partir da biomassa renovável. A compostagem é um nicho ecológico particularmente adequado para bioprospecção de produtos de origem microbiana relacionados à degradação de biomassa. O objetivo geral deste projeto é caracterizar a diversidade e abundância de genes codificadores de enzimas ligadas a hidrólise de carboidratos e glicoconjugados (glicosil-hidrolases ou GHs) em diferentes estágios do processamento de compostagem do Parque Zoológico de São Paulo, utilizando como dados básicos sequencias metagenômicas geradas no projeto temático processo 11/50870-6. Especificamente, iremos identificar os genes codificadores de GHs presentes em diversas amostras; analisar a diversidade e abundância das principais famílias de GHs; analisar a diversidade e abundância de micro-organismos codificadores das GHs identificadas; verificar quais das GHs identificadas são novas em relação às conhecidas; comparar os perfis de diversidade e abundância de GHs nas diversas amostras entre si e com outros metagenomas de ambientes onde também ocorre degradação de biomassa. Para alcançar esses objetivos iremos utilizar softwares de terceiros, desenvolver nosso próprio pipeline de análise computacional, e um banco de dados relacional.