Genotipagem do Paracoccidioides brasiliensis de diferentes amostras de pacientes atendidos no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Botucatu

Resumo

A paracoccidioidomicose a é uma infecção fúngica sistêmica e seu agente etiológico é o Paracoccidioides brasiliensis (P. brasiliensis). Através da análise por concordância de genealogia de genes foi possível detectar essas três espécies crípticas: S1, PS2, e PS3. A partir de análises filogenéticas de multilocus, demonstraram a existência de um grupo geneticamente bastante divergente de isolados de P. brasiliensis do complexo S1, PS2 e PS3, o Pb01-like, proveniente da região centro-oeste do Brasil que constitui na verdade uma quarta espécie críptica, o Paracoccidioides lutzii. A genotipagem de amostras clínicas do gênero Paracoccidoides pode contribuir para estudos epidemiológicos e clínicos da Paracoccidioidomicose. Dessa forma, com todo conhecimento acumulado até agora, torna-se extremamente interessante a avaliação das diferentes espécies em amostras coletadas de pacientes atendidos no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Botucatu. Este estudo tem como objetivo geral a avaliação da especiação do Paracoccidioides em amostras de tecidos incluídas em parafina de pacientes atendidos na Faculdade de Medicina de Botucatu, UNESP - Campus Botucatu. Para esse fim, propomos a extração de DNA das amostras incluídas em parafina e em seguida, uma reação de NESTED PCR e sequenciamento da região ITS do Paracoccidioides para diferenciar P. brasiliensis de P. lutzii. Então para a especiação dos isolados S1, PS2 e PS3 propomos uma reação de PCR Real Time pelo método Taqman dos genes gp43 e ARF e um posterior sequenciamento das mesmas regiões para confirmação dos dados. As sequências serão analisadas e alinhadas com o programa MEGA 5.2 (Kumar et al, 2012) usando o algoritmo de alinhamento MUSCLE (Edgar, 2004). As sequências serão comparadas com as sequências depositadas no GenBank. Será calculado o melhor modelo evolutivo para as sequências e construídas árvores filogenéticas pelos métodos de NeighborJoining, Máxima Parcimônia e Máxima verossimilhança, utilizando como método de suporte estatístico 1000 réplicas de bootstrap.