Uso do Sequenciamento de Nova Geração (NGS) para estudo do genoma completo e análise de quasispecies virais do Vírus da imunodeficiência felina (FIV)

Resumo

A infecção pelo Vírus da imunodeficiência felina(FIV) é uma das mais importantes doenças infecciosas dos felinos domésticos. Por este motivo, e também por causar uma síndrome de imunodeficiência adquirida (AIDS) semelhante ao Vírus da imunodeficiência humana (HIV) em humanos, o FIV tem sido alvo de muitos estudos. Mesmo assim, ainda existem poucas descrições do genoma completo e quasispecies virais do FIV, e nenhuma utilizando a técnica de sequenciamento de nova geração (NGS). Visto isto, o presente projeto visa utilizar o NGS para obter sequências do genoma do FIV e realizar análise de quasispecies virais. As regiões codificante e 3' não traduzida (U3) do genoma do FIV serão amplificadas à partir do DNA pró-viral de gatos naturalmente infectados. Os amplicons serão submetidos ao NGS na plataforma MiSeq (Illumina) e as sequências geradas serão utilizadas para realizar a montagem "de novo" do genoma quase completo do FIV e realizar a análise de quasispecies virais. Ainda não existe até o momento a descrição do genoma completo do FIV de gatos domésticos do Brasil, e mesmo no banco de dados (GenBank) existem apenas 7 sequências disponíveis. Portanto, com esse projeto espera-se padronizar uma técnica de amplificação e sequenciamento do genoma do FIV de uma maneira simples, permitindo uma análise mais ampla, e com isso gerar dados que irão possibilitar o aumento no conhecimento da biologia e evolução do vírus e sua interação com o seu hospedeiro. (AU)