Detecção de variantes estruturais em dados de sequenciamento de nova geração em gado zebuíno

Resumo

As (sub-)espécies bovinas taurina (Bos taurus) e zebuína (Bos indicus) estabeleceram uma relação muito íntima com os humanos há cerca de dez mil anos, a partir de sua domesticação. Produtos como o leite e carne são de grande importância para a nutrição e subsistência de bilhões de pessoas. Enquanto os zebuínos são extremamente adaptados ao clima (sub-)tropical e possuem resistência a enfermidades infecciosas e parasitárias, os taurinos são geralmente mais produtivos, adaptados a climas temperados e susceptíveis a doenças. Estas diferenças fenotípicas podem ser em parte explicadas por divergências na sequência de DNA entre as (sub-)espécies. Em particular, um tipo de variação do DNA capaz de produzir diferenças fenotípicas diretas entre animais é o chamado CNV (do inglês: Copy Number Variation), que consiste em duplicações ou deleções do DNA que variam entre poucas unidades até milhões de nucleotídeos. O mapeamento de CNVs em genomas de animais zebuínos por meio do uso de sequenciamento de nova geração (NGS - Next Generation Sequencing) é uma proposta interessante para se buscar variantes genéticas relacionadas à adaptação de bovinos ao calor e à resistência a patógenos. Diante do exposto, o presente projeto propõe a detecção de CNVs nos genomas de bovinos zebuínos. Os dados a serem utilizados neste projeto foram obtidos de trabalhos anteriores do nosso grupo de pesquisa (Brasil), de colaboradores (África) ou de repositórios públicos (Paquistão).