Combinando tecnologias genômicas (SNP chips e sequenciamento de última geração) para mapear variantes genéticas desvantajosas em bovinos da raça Nelore

• Processo: 16/05787-7
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Vigência (Início): 01 de junho de 2017
• Vigência (Término): 31 de maio de 2019
• Área do conhecimento: Ciências Agrárias - Medicina Veterinária - Reprodução Animal
• Pesquisador responsável: José Fernando Garcia
• Beneficiário: Marco Milanesi
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina Veterinária (FMVA). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Araçatuba. Araçatuba , SP, Brasil
• Assunto(s): Genômica Genética animal Análise de sequência de DNA Polimorfismo de um único nucleotídeo Gado Nelore
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Genetica animal | Nellore | Genômica e bioinformática

Resumo

Todas as espécies animais carregam uma carga genética de variantes alélicas desvantajosas. Variantes letais sao encontradas apenas em estado heterozigoto, ao passo que variantes não-letais desvantajosas podem ser encontradas em estado homozigoto e via de regra reduzem a adaptação de indivíduos portadores. Estas mutações tendem a diminuir sua frequência na população devido a seleção negativa, e eventualmente desaparecer. Entretanto, elas podem ser mantidas artificialmente em populações de animais de produção ou até mesmo aumentar de frequência quando em ligação com alelos favoráveis ou carreadas por reprodutores importantes. A presente proposta objetiva a detecção de variantes desvantajosas em bovinos da raça Nelore, a raça de corte de maior importância econômica no Brasil. Problemas de fertilidade ou problemas associados a endogamia não são comumente relatados em Nelore, embora exista chance real de tais problemas aumentarem sua frequência no futuro devido a alta intensidade do uso da seleção artificial. O objetivo geral desta proposta de pesquisa e de gerar conhecimento para antecipar possíveis problemas causados por variantes desvantajosas através da implementação de ações de seleção para evitar a disseminação de tais variantes. Dados de marcadores SNP em painéis de alta densidade serão utilizados para identificar haplotipos com perda de homozigose. A caracterização destes haplotipos sera realizada utilizando informação pública (i.e., resultados de pesquisas previas, função gênica, associação com doenças) e bancos de dados contendo variantes causais candidatas que será criado utilizando dados de sequência completa de vinte e quatro touros Nelore com grande número de progênies no rebanho nacional. (AU)

Publicações científicas

(9)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

COLLI, LICIA; MILANESI, MARCO; VAJANA, ELIA; IAMARTINO, DANIELA; BOMBA, LORENZO; PUGLISI, FRANCESCO; DEL CORVO, MARCELLO; NICOLAZZI, EZEQUIEL L.; AHMED, SAHAR S. E.; HERRERA, JESUS R. V.; et al. New Insights on Water Buffalo Genomic Diversity and Post-Domestication Migration Routes From Medium Density SNP Chip Data. FRONTIERS IN GENETICS, v. 9, MAR 2 2018. (16/05787-7)

TORRECILHA, R. B. P.; MILANESI, M.; GALLANA, M.; FALBO, A. -K.; REICHLER, I. M.; HUG, P.; JAGANNATHAN, V.; TRIGO, B. B.; PAULAN, S. C.; BRUNO, D. B.; et al. Association of missense variants in GDF9 with litter size in Entlebucher Mountain dogs. ANIMAL GENETICS, v. 51, n. 1, p. 78-86, FEB 2020. (17/08373-1, 16/05787-7)

COLLI, LICIA; MILANESI, MARCO; TALENTI, ANDREA; BERTOLINI, FRANCESCA; CHEN, MINHUI; CRISA, ALESSANDRA; DALY, KEVIN GERARD; DEL CORVO, MARCELLO; GULDBRANDTSEN, BERNT; LENSTRA, JOHANNES A.; et al. Genome-wide SNP profiling of worldwide goat populations reveals strong partitioning of diversity and highlights post-domestication migration routes. GENETICS SELECTION EVOLUTION, v. 50, NOV 19 2018. (16/05787-7)

AGUIAR, TAMIRIS SAYURI; PINTOR TORRECILHA, RAFAELA BEATRIZ; MILANESI, MARCO; HARTH UTSUNOMIYA, ADAM TAITI; TRIGO, BEATRIZ BATISTA; TIJJANI, ABDULFATAI; MUSA, HASSAN HUSSEIN; LOPES, FLAVIA LOMBARDI; AJMONE-MARSAN, PAOLO; CARVALHEIRO, ROBERTO; et al. Association of Copy Number Variation at Intron 3 of HMGA2 With Navel Length in Bos indicus. FRONTIERS IN GENETICS, v. 9, DEC 7 2018. (14/01095-8, 16/07531-0, 16/05787-7, 10/52030-2, 17/08373-1)

VAJANA, ELIA; BARBATO, MARIO; COLLI, LICIA; MILANESI, MARCO; ROCHAT, ESTELLE; FABRIZI, ENRICO; MUKASA, CHRISTOPHER; DEL CORVO, MARCELLO; MASEMBE, CHARLES; MUWANIKA, VINCENT B.; et al. Combining Landscape Genomics and Ecological Modelling to Investigate Local Adaptation of Indigenous Ugandan Cattle to East Coast Fever. FRONTIERS IN GENETICS, v. 9, OCT 3 2018. (16/05787-7)

PALOMBO, VALENTINO; MILANESI, MARCO; SFERRA, GABRIELLA; CAPOMACCIO, STEFANO; SGORLON, SANDY; D'ANDREA, MARIASILVIA. PANEV: an R package for a pathway-based network visualization. BMC Bioinformatics, v. 21, n. 1, FEB 6 2020. (16/05787-7)

BEATRIZ BATISTA TRIGO; FERNANDA MULLER DE OLIVEIRA-ROVAI; MARCO MILANESI; PIER KENJI RAUSCHKOLB KATSUDA ITO; YURI TANI UTSUNOMIYA; FLÁVIA LOMBARDI LOPES; SILVANA DE CÁSSIA PAULAN; CÁRIS MARONI NUNES. Avaliação in silico e in vitro de iniciadores para a diferenciação molecular de espécies de Leishmania. Revista Brasileira de Parasitologia Veterinária, v. 30, n. 1, 2021-03-12. (16/05787-7)

PALOMBO, V; MILANESI, M.; SGORLON, S.; CAPOMACCIO, S.; MELE, M.; NICOLAZZI, E.; AJMONE-MARSAN, P.; PILLA, F.; STEFANON, B.; D'ANDREA, M.. Genome-wide association study of milk fatty acid composition in Italian Simmental and Italian Holstein cows using single nucleotide polymorphism arrays. JOURNAL OF DAIRY SCIENCE, v. 101, n. 12, p. 11004-11019, DEC 2018. (16/05787-7)

TRIGO, BEATRIZ B.; UTSUNOMIYA, ADAM T. H.; FORTUNATO, ALVARO A. A. D.; MILANESI, MARCO; TORRECILHA, RAFAELA B. P.; LAMB, HARRISON; NGUYEN, LOAN; ROSS, ELIZABETH M.; HAYES, BEN; PADULA, ROMULO C. M.; et al. Variants at the ASIP locus contribute to coat color darkening in Nellore cattle. GENETICS SELECTION EVOLUTION, v. 53, n. 1, APR 28 2021. (10/52030-2, 16/05787-7)