Busca avançada
Ano de início
Entree

Avaliação da endogamia e estudo de variantes funcionais usando sequenciamento completo do genoma de bovinos da raça Nelore

Processo: 18/04313-7
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de julho de 2018
Vigência (Término): 30 de setembro de 2019
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Maria Eugênia Zerlotti Mercadante
Beneficiário:Ana Fabrícia Braga Magalhães
Instituição-sede: Instituto de Zootecnia. Agência Paulista de Tecnologia dos Agronegócios (APTA). Secretaria de Agricultura e Abastecimento (São Paulo - Estado). Nova Odessa , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:17/10630-2 - Aspectos genéticos da qualidade, eficiência e sustentabilidade da produção de carne em animais da raça Nelore, AP.TEM
Assunto(s):Genômica

Resumo

Altos níveis de endogamia na população podem aumentar a frequência de alelos deletérios combinados em homozigose e reduzir o valor adaptativo dos animais. Métodos tradicionais para calcular a endogamia utilizam apenas estimativas obtidas com informações de pedigree. Como a maioria dos pedigrees são incompletos, métodos que consideram a informação de marcadores moleculares de alta densidade têm sido utilizados para esse propósito. Nesse sentido, regiões do genoma em homozigose podem ser estudadas usando, por exemplo, "runs of homozigosity" (ROH), com o intuito de identificar os efeitos da endogamia sobre características produtivas. No entanto, espera-se que a ROH possa ser estimado com maior precisão usando dados de sequência completa do genoma, pois o uso de SNP chips podem superestimar ou subestimar o número de ROH. O objetivo desse projeto será calcular coeficientes de endogamia utilizando diferentes metodologias e realizar anotação funcional das variantes presentes nas regiões em homozigose, classificando-as como "deletérias" ou "tolerantes" no genoma de animais da raça Nelore, visando gerar informações que auxiliarão os programas de melhoramento genético a direcionarem o acasalamento desses animais. Para isso, 50 animais com sequenciamento completo do genoma serão utilizados para estimar a homozigosidade baseada na ROH - FROH, na matriz de relação genômica (FGRM), no excesso de homozigosidade (FHOM) e na correlação dos gametas que se unem (FUNI). As ilhas de ROH (regiões comuns de autozigosidade) serão identificadas por um coeficiente de autozigose e as variantes funcionais presentes nas ilhas serão estudadas usando a ferramenta VEP (preditor do efeito da variante) do software ENSEMBL. Os escores SIFT também serão utilizados para classificar as mutações como "deletérias" ou "tolerantes".