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(Referência obtida automaticamente do Web of Science, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores.)

Association of Copy Number Variation at Intron 3 of HMGA2 With Navel Length in Bos indicus

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Autor(es):
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Aguiar, Tamiris Sayuri [1, 2] ; Pintor Torrecilha, Rafaela Beatriz [1, 2] ; Milanesi, Marco [1, 3, 4, 5] ; Harth Utsunomiya, Adam Taiti [1, 3] ; Trigo, Beatriz Batista [1, 3] ; Tijjani, Abdulfatai [6] ; Musa, Hassan Hussein [7] ; Lopes, Flavia Lombardi [3] ; Ajmone-Marsan, Paolo [4, 5] ; Carvalheiro, Roberto [8] ; de Rezende Neves, Haroldo Henrique [9] ; do Carmo, Adriana Santana [10] ; Hanotte, Olivier [6, 11] ; Sonstegard, Tad Stewart [12] ; Garcia, Jose Fernando [1, 3, 2] ; Utsunomiya, Yuri Tani [1, 3]
Número total de Autores: 16
Afiliação do(s) autor(es):
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[1] IAEA, Collaborating Ctr Anim Genom & Bioinformat, Aracatuba - Brazil
[2] Sao Paulo State Univ, Dept Preventhe Vet Med & Anim Reprod, Sch Agr & Veterinarian Sci, Jaboticabal - Brazil
[3] Sao Paulo State Univ, Dept Support Prod & Anim Hlth, Sch Vet Med, Aracatuba - Brazil
[4] Univ Cattolica Sacro Cuore, Dept Anim Sci Food & Nutr, Piacenza - Italy
[5] Univ Cattolica Sacro Cuore, Ancient DNA Res Ctr BioDNA, Piacenza - Italy
[6] Univ Nottingham, Cells Organisms & Mol Genet, Sch Life Sci, Nottingham - England
[7] Univ Khartoum, Fac Med Lab Sci, Khartoum - Sudan
[8] Sao Paulo State Univ, Sch Agr & Veterinarian Sci, Dept Anim Sci, Jaboticabal - Brazil
[9] GenSys Consultores Associados, Porto Alegre, RS - Brazil
[10] Univ Fed Goias, Escola Vet & Zootecnia, Goiania, Go - Brazil
[11] Int Livestock Res Inst, LiveGene CTLGH, Addis Ababa - Ethiopia
[12] Recombinetics Inc, St Paul, MN - USA
Número total de Afiliações: 12
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: FRONTIERS IN GENETICS; v. 9, DEC 7 2018.
Citações Web of Science: 0
Resumo

Navel injuries caused by friction against the pasture can promote infection, reproductive problems and costly treatments in beef cattle raised in extensive systems. A haplotype-based genome-wide association study (GWAS) was performed for visual scores of navel length at yearling in Nellore cattle (Bos indicus) using data from 2,016 animals and 503,088 single nucleotide polymorphism (SNP) markers. The strongest signal (p = 1.01 x 10(-9)) was found on chromosome 5 spanning positions 47.9-48.2 Mbp. This region contains introns 3 and 4 and exons 4 and 5 of the high mobility group AT-hook 2 gene (HMGA2). Further inspection of the region with whole genome sequence data of 21 Nellore bulls revealed correlations between counts of the significant haplotype and copy number gains of a similar to 6.2 kbp segment of intron 3 of HMGA2. Analysis of genome sequences from five African B. indicus and four European Bos taurus breeds revealed that the copy number variant (CNV) is indicine-specific. This intronic CNV was then validated through quantitative polymerase chain reaction (qPCR) using Angus animals as copy neutral controls. Importantly, the CNV was not detectable by means of conventional SNP-based GWAS or SNP probe intensity analyses. Given that HMGA2 affects the expression of the insulin-like growth factor 2 gene (IGF2) together with the pleomorphic adenoma gene 1 (PLAG1), and that the latter has been repeatedly shown to be associated with quantitative traits of economic importance in cattle, these findings highlight the emerging role of variants impacting the insulin-like growth factor pathway to cattle breeding. (AU)

Processo FAPESP: 10/52030-2 - Estudos de associação genômica das características reprodutivas de touros zebuínos (Bos indicus) utilizando SNP chip de alta densidade
Beneficiário:José Fernando Garcia
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Regular
Processo FAPESP: 17/08373-1 - Detecção de alelos deletérios através de ausência de homozigose haplotípica em cães
Beneficiário:Rafaela Beatriz Pintor Torrecilha
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado
Processo FAPESP: 16/07531-0 - Comparação de métodos para mapeamento de ancestralidade e heterose em populações de bovinos derivadas de cruzamentos
Beneficiário:Yuri Tani Utsunomiya
Linha de fomento: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
Processo FAPESP: 14/01095-8 - Utilização de sequenciamento de nova geração para o mapeamento fino de regiões cromossômicas que afetam o perímetro escrotal de touros Nelore
Beneficiário:Yuri Tani Utsunomiya
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado
Processo FAPESP: 16/05787-7 - Combinando tecnologias genômicas (SNP chips e sequenciamento de última geração) para mapear variantes genéticas desvantajosas em bovinos da raça Nelore
Beneficiário:Marco Milanesi
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado