Identificação de assinaturas de seleção e variações estruturais a partir de dados sequenciados em animais zebuínos e taurinos localmente adapatados

• Processo: 16/24084-7
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Vigência (Início): 01 de junho de 2017
• Vigência (Término): 28 de fevereiro de 2021
• Área do conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Acordo de Cooperação: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
• Pesquisador responsável: Fernando Sebastián Baldi Rey
• Beneficiário: Elisa Peripolli
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 17/27148-9 - Sequenciamento amplo do genoma de raças zebuínas e brasileiras localmente adaptadas para a identificação de assinaturas de seleção, BE.EP.DR
• Assunto(s): Bos taurus indicus
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: adaptation | Bos indicus | Genetic resource | Germplasm bank | Locally Breeds | Genômica e Melhoramento Animal

Resumo

Dadas as desvantagens e os impactos causados pelas mudanças climáticas na produção pecuária, é importante caracterizar a nível genômico animais zebuínos e raças localmente adaptadas a fim de elucidar os mecanismos genéticos relacionados à adaptação e seleção. O objetivo deste estudo é de descrever os principais efeitos da seleção/adaptação no genoma de bovinos zebuínos e de raças localmente adaptadas, por meio do uso de assinaturas de seleção e da identificação de variantes estruturais (VS) com dados de Sequenciamento de Nova Geração ("Next Generation Sequencing" - NGS). Dados sequenciados de animais da raça Sindi (n=12), Caracú Caldeano (n=12), Pantaneiro (n=12) e Crioulo Lageano (n=12) serão disponibilizados pela Embrapa Gado de Leite, Juiz de Fora - MG. As assinaturas de seleção serão identificadas através da extensão padronizada do escore de homozigose do haplotipo (iHS) e SNPs significativos (piHS> 4) serão considerados para identificar genes candidatos. As regiões de CNV (CNVRs) serão identificadas para todos os 29 cromossomos autossômicos e para o cromossomo X por meio do software CNV-seq. Os CNVRs serão utilizados para conduzir a análise de enriquecimento de genes ("Gene Ontology" GO). As corridas de homozigose (ROH) serão identificadas em cada indivíduo usando o software PLINK v1.07. Os segmentos em homozigose compartilhados por mais de 50% das amostras serão utilizados como uma indicação de possíveis ilhas de ROH ao longo do genoma. Os genes dentro destas ilhas serão classificados como candidatos para seleção/adaptação. Os resultados obtidos neste estudo permitirão uma melhor caracterização das raças zebuínas e de raças localmente adaptadas, permitindo usá-las mais profundamente como um reservatório genético em bancos de germoplasma e como um reservatório de recursos em se tratando da diversidade genética frente às mudanças climáticas e adaptação. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

OLIVIERI, BIANCA FERREIRA; BRAZ, CAMILA URBANO; LOPES, FERNANDO BRITO; PERIPOLLI, ELISA; DE OLIVEIRA SILVA, RAFAEL MEDEIROS; PEREIRA DA SILVA CORTE, ROSANA RUEGGER; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO; CRAVO PEREIRA, ANGELICA SIMONE; STAFUZZA, NEDENIA BONVINO; BALDI, FERNANDO. Differentially expressed genes identified through RNA-seq with extreme values of principal components for beef fatty acid in Nelore cattle. JOURNAL OF ANIMAL BREEDING AND GENETICS, v. 138, n. 1, MAY 2020. (17/03221-9, 11/21241-0, 16/24084-7, 19/10438-0)

STAFUZZA, NEDENIA BONVINO; DE OLIVEIRA SILVA, RAFAEL MEDEIROS; PERIPOLLI, ELISA; FRAMARTINO BEZERRA, LUIZ ANTONIO; LOBO, RAYSILDO BARBOSA; MAGNABOSCO, CLAUDIO DE ULHOA; DI CROCE, FERNANDO A.; OSTERSTOCK, JASON B.; MUNARI, DANISIO PRADO; LINO LOURENCO, DANIELA A.; et al. Genome-wide association study provides insights into genes related with horn development in Nelore beef cattle. PLoS One, v. 13, n. 8, AUG 30 2018. (16/24084-7)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

PERIPOLLI, Elisa. Identificação de variações estruturais e assinaturas de seleção em bovinos. 2021. Tese de Doutorado - Universidade Estadual Paulista (Unesp). Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias. Jaboticabal Jaboticabal.