Identificação de assinaturas de seleção e variações estruturais a partir de dados sequenciados em animais zebuínos e taurinos localmente adapatados

Resumo

Dadas as desvantagens e os impactos causados pelas mudanças climáticas na produção pecuária, é importante caracterizar a nível genômico animais zebuínos e raças localmente adaptadas a fim de elucidar os mecanismos genéticos relacionados à adaptação e seleção. O objetivo deste estudo é de descrever os principais efeitos da seleção/adaptação no genoma de bovinos zebuínos e de raças localmente adaptadas, por meio do uso de assinaturas de seleção e da identificação de variantes estruturais (VS) com dados de Sequenciamento de Nova Geração ("Next Generation Sequencing" - NGS). Dados sequenciados de animais da raça Sindi (n=12), Caracú Caldeano (n=12), Pantaneiro (n=12) e Crioulo Lageano (n=12) serão disponibilizados pela Embrapa Gado de Leite, Juiz de Fora - MG. As assinaturas de seleção serão identificadas através da extensão padronizada do escore de homozigose do haplotipo (iHS) e SNPs significativos (piHS> 4) serão considerados para identificar genes candidatos. As regiões de CNV (CNVRs) serão identificadas para todos os 29 cromossomos autossômicos e para o cromossomo X por meio do software CNV-seq. Os CNVRs serão utilizados para conduzir a análise de enriquecimento de genes ("Gene Ontology" GO). As corridas de homozigose (ROH) serão identificadas em cada indivíduo usando o software PLINK v1.07. Os segmentos em homozigose compartilhados por mais de 50% das amostras serão utilizados como uma indicação de possíveis ilhas de ROH ao longo do genoma. Os genes dentro destas ilhas serão classificados como candidatos para seleção/adaptação. Os resultados obtidos neste estudo permitirão uma melhor caracterização das raças zebuínas e de raças localmente adaptadas, permitindo usá-las mais profundamente como um reservatório genético em bancos de germoplasma e como um reservatório de recursos em se tratando da diversidade genética frente às mudanças climáticas e adaptação. (AU)