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Um Teste de Kolmogorov-Smirnov para relógio molecular baseado em conjuntos Bayesianos de filogenias

Processo: 19/00879-9
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Publicações científicas - Artigo
Vigência: 01 de março de 2019 - 31 de agosto de 2019
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
Pesquisador responsável:Marcelo Ribeiro da Silva Briones
Beneficiário:Marcelo Ribeiro da Silva Briones
Instituição-sede: Escola Paulista de Medicina (EPM). Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP). Campus São Paulo. São Paulo , SP, Brasil
Assunto(s):Evolução molecular 

Resumo

As estimativas da data de divergência são centrais para entender os processos evolutivos e dependem, no caso de filogenias moleculares, de testes de relógios moleculares. Aqui propomos dois testes não paramétricos de relógios moleculares estritos e relaxados construídos sobre uma estrutura que usa a distribuição cumulativa empírica (DCE) de comprimentos de ramos obtidos de um conjunto de árvores Bayesianas e não-paramétricos bem conhecidos (uma amostra e duas amostra) teste de adequação de ajuste de Kolmogorov-Smirnov (KS). No caso do relógio estrito, o método consiste em usar o teste Kolmogorov-Smirnov (KS) de uma amostra para testar diretamente se a filogenia é semelhante a um relógio, em outras palavras, se segue uma lei de Poisson. O ECD é calculado a partir dos comprimentos de ramificação discretizados e o parâmetro » da distribuição de Poisson esperada é calculado como o comprimento médio do ramo sobre o conjunto de árvores. Para compensar a autocorrelação no conjunto de árvores e na pseudo-replicação, aproveitamos o desbaste e o tamanho efetivo da amostra, duas características fornecidas pelos amostradores MCD de inferência bayesiana. Finalmente, observa-se que topologias de árvores com ramos muito longos ou muito curtos levam a misturas de Poisson e neste caso propomos o uso do teste KS de duas amostras com amostras de duas distribuições contínuas de comprimento de ramificação, uma obtida de um conjunto de clock As árvores impedidas e a outra de um conjunto de árvores sem restrições. Além disso, nesta segunda forma, o teste também pode ser aplicado para testar modelos de relógio relaxados. O uso de um conjunto estatisticamente equivalente de filogenias para obter os comprimentos do ramo ECD, em vez de uma árvore de consenso, produz uma redução considerável dos efeitos do pequeno tamanho da amostra e proporciona um ganho de poder estatístico. (AU)

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