O transcritoma antisense primário de Halobacterium salinarum NRC-1

• Processo: 19/06738-8
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Publicações científicas - Artigo
• Data de Início da vigência: 01 de maio de 2019
• Data de Término da vigência: 31 de outubro de 2019
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
• Pesquisador responsável: Tie Koide
• Beneficiário: Tie Koide
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Assunto(s): Halobacterium salinarum Transcriptoma Archaea Expressão gênica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: antisense RNA | Archaea | dRNA-seq | gene expression | Halobacterium salinarum | post-transcriptional regulation | Ribo-seq | transcription start site | transcriptome | transcritoma, bioinformática, regulação gênica, genética de organismos halofílicos

Resumo

RNAs antisense estão presentes em diversos organismos e apresentam um papel importante na regulação gênica. Neste trabalho, mapeamos o transcritoma antisense primário na archaea halofílica Halobacterium salinarum NRC-1. A partir da reanálise de dados públicos, mapeamos os inícios de transcrição antisense (aTSS) e inferimos a localização provável da extremidade 3' desses transcritos. Analisamos os asRNAs resultantes de acordo com o tamanho, localização, função dos genes na fita oposta, níveis de expressão e conservação. Pelo menos 21% dos genes contêm um asRNA em H. salinarum. A maioria dos asRNAs são expressos em baixos níveis. Eles estão localizados antisense a genes relacionados a transposases e outros processos biológicos importantes como tradução. Nós fornecemos evidências de asRNAs em sistemas toxinas-antitoxinas do tipo II em archaea. Dados públicos de Ribo-seq também fora analisados revelando que cerca de 10% dos asRNAs são RNAs não-codificantes associados a ribossomos (rancRNAs), com asRNAs correspondentes a transposases superrepresentados. Usando uma abordagem de transcritoma comparativo, encontramos que 19% dos asRNAs anotados em H. salinarum pertencem a genes com um ortólogo em Haloferax volcanii em que um aTSS pode ser identificado com equivalência posicional. Isto mostra que a maioria dos asRNAS não são conservados entre essas archaeas halofílicas. (AU)